Le treizième conte est un roman dans la tradition des sœurs Brontë de la nouvelle écrivaine Diane Setterfield. Le personnage principal, Margaret Lea, est invité à écrire l’histoire de la vie de l’auteure à succès Vida Winter, qui a passé toute sa carrière à inventer son passé. Margaret est hésitante, convaincue que le maître conteur lui mentira comme elle a menti à tous les autres. Cependant, attirée par le style d’écriture victorien de Miss Winter, Margaret accepte le contrat et se rend vite compte qu’en apprenant le secret de Miss Winter, elle sera obligée d’affronter son propre secret. Le treizième conte est une histoire qui possède tous les éléments de la littérature anglaise classique et tout le mystère d’un blockbuster des temps modernes.
Margaret reçoit une lettre d’un écrivain moderne dont elle a entendu parler mais qu’elle ne connaît pas. L’écrivaine Miss Vida Winter aimerait que Margaret écrive l’histoire de sa vie. Même si Margaret a écrit plusieurs essais sur des personnages célèbres, elle n’est pas biographe et ne s’est jamais attaquée à un sujet vivant. Les goûts de Margaret, tant dans son travail que dans ses lectures de loisir, se situent dans le passé. Cependant, après avoir lu les romans de Miss Winter, Margaret décide d’accepter le contrat.
Miss Winter est une femme sévère et calme qui ne semble pas trop amicale lorsque Margaret la rencontre pour la première fois. Miss Winter établit quelques règles de base qui consistent notamment à raconter son histoire du début à la fin sans interruption ni questions qui interrompront ce flux de narration. Margaret accepte et commence à écouter l’histoire. Miss Winter commence avant sa propre naissance avec la naissance d’Isabelle, la fille d’un homme riche mais excentrique. Isabelle est une enfant gâtée qui devient l’obsession de son père à l’exclusion de tout le reste, y compris de son frère aîné. Mais à l’âge adulte, Isabelle noue avec son frère une relation qui prend des allures d’inceste. Lorsqu’Isabelle s’enfuit pour se marier, son père est tellement dévasté qu’il meurt prématurément.
Isabelle revient à la maison quelques mois plus tard avec ses deux bébés, des jumelles. Charlie, son frère, accueille Isabelle chez lui et les deux deviennent tellement absorbés l’un par l’autre que les jumeaux sont mis de côté et oubliés. La gouvernante, la Missus, prend en charge les soins des bébés, faisant de son mieux. Cependant, la femme de ménage est vieille et ne peut pas vraiment contrôler son comportement. Les jumeaux deviennent indisciplinés, terrorisant la maison et le village voisin, s’attirant constamment des ennuis. Ce problème devient si inquiétant pour le médecin local qu’il décide d’envoyer sa femme parler à Isabelle et Charlie du contrôle des filles. Alors qu’elle est dans la maison, la femme est frappée à la tête avec un violon et elle pointe Isabelle du doigt. Isabelle est rapidement envoyée dans un asile, laissant Charlie dans une dépression meurtrière et les filles une fois de plus sans surveillance appropriée.
Afin de s’assurer que Miss Winter dit la vérité sur son passé, Margaret rentre chez elle pendant une courte période pour vérifier quelques faits. Margaret constate rapidement que les Angelfield, la famille dont Miss Winter prétend être membre, ont bien existé. Non seulement cela, mais Margaret visite la maison où s’est déroulée l’essentiel de l’histoire de Miss Winter et la trouve en ruines mais toujours existante. Lors d’une visite de la maison, Margaret rencontre Aurelius, un traiteur d’une soixantaine d’années qui habite le quartier. Margaret se lie instantanément d’amitié avec Aurelius et, attirée par son histoire d’abandon, ressent un lien. Margaret a déjà eu un jumeau, mais ses parents lui ont caché cette information jusqu’à ce qu’elle apprenne la vérité par accident lorsqu’elle était enfant. C’est ce qui amène Margaret à ressentir un lien non seulement avec Aurelius, mais aussi avec Miss Winter.
Miss Winter continue son histoire en racontant à Margaret la gouvernante que le médecin a amenée à Angelfield House pour s’occuper des jumeaux en l’absence de leur mère. La gouvernante est une femme intelligente, plus intelligente que ne le permet sa situation dans la vie. La gouvernante observe les jumeaux et constate qu’ils ont chacun revêtu des éléments d’une personnalité que l’autre n’a pas, comme s’ils étaient les deux moitiés d’un tout. La gouvernante pense que s’ils séparent les jumeaux, ils pourraient créer deux personnes entières. Mais l’expérience se retourne contre lui lorsque les jumeaux sombrent dans un état catatonique et que la gouvernante tombe amoureuse de son partenaire, le médecin.
Après le départ de la gouvernante, la maison sombre dans un état de délabrement encore plus grave qu’auparavant. Charlie, qui s’est caché dans l’ancienne crèche depuis le départ de sa sœur, disparaît peu après avoir appris le décès de sa sœur. Miss Winter révèle à Margaret qu’elle a trouvé son corps dans une masure dans les bois, mais qu’elle a choisi de ne le dire à personne parce qu’elle ne voyait pas à quoi cela servirait. John-the-dig, le jardinier d’Angelfield House, a décidé qu’il serait préférable de ne parler à personne de la disparition de Charlie, car ils dépendaient de l’argent de l’avocat de Charlie pour survivre. Les rares groupes d’Angelfield House ont continué comme ils l’avaient toujours fait, même après la mort de Missus, survivant avec le moins de choses possible jusqu’au jour de la mort de John-the-dig. À ce moment-là, l’une des filles a été obligée de se rendre chez l’avocat et d’avouer l’absence de Charlie ainsi que la mort de John.
À ce moment-là, Margaret avait découvert qu’Emmeline, l’une des jumelles, vivait dans la maison avec Miss Winter. Margaret avait appris et supposé d’elle-même que Miss Winter était Adeline, l’autre jumelle. Cependant, en lisant un journal écrit par la gouvernante et en rassemblant les éléments basés sur le récit de Miss Winter, Margaret se rendit compte qu’il y avait une troisième fille vivant à Angelfield House. Lorsqu’elle a été confrontée, Miss Winter a admis que c’était le cas. Un enfant avait été abandonné dans les jardins de la vieille maison et, une fois nettoyé, John-the-dig reconnut le lien entre cet enfant et Charlie, sachant qu’il devait être son père. John a gardé l’enfant à la maison, estimant qu’elle avait autant le droit d’être là que n’importe lequel d’entre eux, mais gardant son existence secrète pour la protéger. Miss Winter est cette enfant.
Margaret retourne aux ruines d’Angelfield House pour voir Aurelius. À son arrivée, Margaret découvre que l’équipe de construction qui démolit les ruines a trouvé des ossements dans la bibliothèque. Margaret retourne chez Miss Winter pour la confronter à propos de ces os, supposant qu’ils sont ceux de la gouvernante. Là, Miss Winter révèle la vérité sur l’enfant sans nom et le bébé auquel Emmeline a donné naissance dans les mois qui ont suivi la mort de John-the-dig. Adeline était incroyablement jalouse du bébé et tentait constamment de le tuer. Une nuit, la jeune fille anonyme a surpris Adeline en train de tenter de brûler le bébé dans la cheminée. La jeune fille a sauvé le bébé et l’a caché, retournant à la maison juste à temps pour la voir prendre feu. La jeune fille est entrée dans la maison pour sauver Emmeline, la sortant des flammes juste avant que l’incendie ne devienne incontrôlable. La jeune fille a ensuite emmené le bébé chez une gentille femme qui vivait dans les bois, un bébé que Margaret sait maintenant être Aurelius, avant de retourner à la maison où elle est prise pour Adeline.