Lucinda’s Secret de Holly Black détaille les aventures de trois frères et sœurs dans leur quête pour en savoir plus et trouver un moyen de protéger leur famille de l’autre monde « fantastique » que raconte leur arrière-grand-oncle dans un livre.
Jared et Simon sont des frères jumeaux. Avec leur sœur aînée Mallory, ils emménagent dans l’ancienne maison familiale à la campagne. Des indices conduisent Jared à un livre caché dans la maison qui a été écrit par leur oncle Arthur à partir de sa connaissance directe de cet autre monde. Le livre s’appelle Arthur Spiderwick’s Field Guide to the Fantastical World Around You et décrit des créatures mythologiques. Les créatures du monde fantastique veulent que les connaissances contenues dans le livre restent secrètes et certaines d’entre elles souhaitent que le livre tire son pouvoir des informations sur les autres races de leur monde. Tous tentent de se procurer le livre par tous les moyens, y compris par la violence, ce qui met en danger la vie des enfants et de leur famille. Leur mère ignore les aventures des enfants dans le monde fantastique.
Un Brownie en colère contre les enfants, vit dans la maison et fait des farces à Jared. Mallory veut que Jared donne le livre aux fées afin que les créatures cessent d’essayer de nuire à la famille. Simon se range du côté de sa sœur contre son frère jumeau. En colère qu’ils se liguent contre lui, Jared souligne que même s’ils abandonnent le livre, ils sont désormais conscients du monde fantastique et que cette connaissance ne peut pas être retirée de leur esprit. Leurs connaissances les mettent en danger avec ou sans le livre. De plus, leurs aventures précédentes les amènent à cacher un Griffin blessé que tous les frères et sœurs aiment et veulent garder. Tout cela les met en danger de perdre la vie sans le livre comme outil de négociation.
Pour tenter d’en apprendre davantage sur les créatures et les livres, les enfants rendent visite à leur grand-tante dans un asile. Son père a écrit le livre et ils savent qu’elle doit avoir une certaine connaissance du monde fantastique et espèrent qu’elle aura une solution qui assurera la sécurité de leur famille et du livre.
Leur tante Lucinda n’est pas folle et connaît parfaitement le monde fantastique. Elle craint pour la sécurité des enfants et leur dit de convaincre leur mère du danger et de fuir les lieux. Lucinda explique que le livre est dangereux et que c’est une bonne chose qu’il ait disparu. Jared lui dit qu’ils ont trouvé le livre et ouvre son sac à dos pour lui montrer le livre, seulement pour découvrir qu’il a été remplacé et qu’il a maintenant disparu. Leur tante et les enfants se mettent à crier, ce qui fait que Lucinda est mise sous sédatif par le personnel de l’hôpital.
De retour à la maison, ils réalisent que le Brownie a pris le livre comme sa dernière farce et en le cherchant, ils trouvent une carte marquée par Arthur. Les frères et sœurs décident de retracer les traces de leur oncle pour tenter de savoir ce qui lui est arrivé le jour où ils pensent qu’il a disparu. Leur quête révèle que leur oncle est peut-être en vie et a le même âge qu’au moment de son départ, car les Elfes peuvent empêcher les gens de vieillir. Les Elfes veulent le livre des enfants et voulaient auparavant le livre d’Arthur. Le fait que leur oncle soit peut-être vivant et retenu en otage par les elfes, ainsi que les dangers qui les ont frappés depuis leur emménagement dans la maison, mettent suffisamment en colère Mallory et Simon pour se ranger du côté de Jared. Ils décident de garder le livre tout en combattant les créatures du monde fantastique.