« The Schwa Was Here » raconte comment un jeune adolescent italien appelé Antsy rencontre un garçon appelé Calvin Schwa, surnommé le Schwa. Le Schwa est si ordinaire qu’il est ignoré par presque tout le monde et est fonctionnellement invisible dans la foule. Antsy et les Schwa utilisent cet «effet Schwa» pour gagner de l’argent en réalisant des défis, mais cela se retourne contre eux lorsque les Schwa se faufilent dans l’appartement du vieil homme Crawley et se font prendre. Crawley les fait travailler comme promeneurs de chiens et paie Antsy pour être l’escorte de sa petite-fille aveugle. Antsy et la Schwa deviennent bientôt des rivales pour son affection. Finalement, Antsy parvient à aider les Schwa en découvrant la vérité sur la disparition de sa mère. Le Schwa se rend compte qu’il ne va pas disparaître par manque d’attention et commence ainsi à accepter son «invisibilité».
Le père d’Antsy travaille pour une entreprise de fabrication de plastique et a donné son mannequin en plastique « indestructible » à son fils pour qu’il le teste. Antsy et ses amis Howie et Ira décident de le jeter d’un pont pour voir s’il va se briser. Ce faisant, ils se rendent soudain compte qu’un autre garçon les surveille. Il se présente comme Calvin Schwa. Ira raconte à Antsy « l’effet Schwa », qui fait qu’il est difficile pour les autres de remarquer Calvin.
Antsy commence à remarquer beaucoup plus le Schwa à l’école et se lie bientôt d’amitié avec lui. Il décide d’utiliser l’effet Schwa à son propre profit en faisant payer aux élèves de l’école des tâches que seuls les Schwa peuvent effectuer. Ils prennent également des paris sur les défis. Cela se passe bien jusqu’à ce que le Schwa ose entrer dans l’appartement d’un vieil homme solitaire appelé Crawley et voler une de ses gamelles pour chien. Le Schwa fait cela, mais il est rattrapé par le vieil homme. Antsy accourt pour aider son ami, et bientôt tous deux ont des ennuis. Crawley décide de ne pas le dire à la police, mais de leur accorder à la place des « travaux d’intérêt général ». Ils travailleront comme promeneurs de chiens pour rembourser leur dette envers lui.
Un jour, Crawley dit à Antsy qu’il a un autre travail à lui confier. Il le paiera pour accompagner sa petite-fille aveugle. La petite-fille s’appelle Lexie, et bientôt Antsy et Schwa commencent à avoir des sentiments pour elle. Cela provoque une certaine rivalité et de mauvais sentiments entre eux. Lexie décide de renvoyer Antsy comme son escorte et de promouvoir le Schwa à la place. La Schwa pense qu’elle l’aime bien, mais elle donnait en fait à Antsy l’opportunité de lui demander de sortir correctement. Antsy et Lexie commencent à sortir ensemble, et quand le Schwa le découvre, il est extrêmement bouleversé. Antsy essaie de s’excuser et Schwa explique pourquoi attirer l’attention de Lexie était si important pour lui. Il pense qu’il va disparaître un jour comme sa mère. Elle a disparu alors qu’ils étaient au supermarché, et Schwa pense que c’est de sa faute s’il l’a oubliée pendant quelques instants.
Antsy veut aider son ami et commence alors à enquêter sur la disparition de sa mère. Il trouve le boucher de nuit au supermarché, qui est prêt à leur dire la vérité sur cette journée. Pendant ce temps, le Schwa est déterminé à ne pas se laisser disparaître comme sa mère, alors il essaie d’attirer l’attention en plaçant son visage sur un panneau publicitaire au-dessus de l’autoroute. Cela lui coûte ses fonds universitaires. Cependant, le trafic de l’autoroute est détourné et personne ne voit le panneau d’affichage. Le Schwa est désemparé. Antsy l’emmène voir le boucher de nuit, qui explique que la mère de Schwa s’est en fait enfuie avec le boucher. Le Schwa est d’abord en colère, mais plus tard, il est soulagé de savoir qu’il ne va pas simplement disparaître dans les airs.
Le Schwa confronte son père à propos de sa mère et trouve les lettres qu’elle lui a écrites. Un jour, le Schwa disparaît et sa maison est à vendre. Antsy passe beaucoup de temps à sa recherche et finit par se rendre compte qu’il est parti retrouver sa mère. Plus tard, Antsy reçoit une lettre du Schwa disant qu’il a retrouvé sa mère et qu’il voyage avec elle pendant un certain temps. Il est enfin heureux. Pendant ce temps, Crawley est devenu très attaché à Antsy et, grâce à son amitié, a réappris à apprécier le monde. Il fait virer le père d’Antsy de son ancien travail ennuyeux, puis lui propose un emploi bien mieux payé pour diriger son nouveau restaurant. C’est une fin heureuse pour tout le monde.