« The Ruby in the Smoke » est une histoire mystérieuse qui se déroule dans le Londres victorien. Le père de Sally Lockhart vient de mourir et elle a reçu une mystérieuse lettre lui disant de rechercher Marchbanks et d’éviter « Les Sept Bénédictions ». Sally commence à enquêter et est bientôt entraînée dans deux mystères dangereux, l’un tournant autour d’une Ruby tant désirée, et l’autre concernant la mort de son père. À la fin de l’histoire, avec l’aide de nouveaux amis, elle parvient à résoudre les deux mystères.
Sally se rend dans les bureaux de la société de transport maritime de son défunt père, Selby and Lockhart. Elle a reçu une lettre qui l’avertit des ‘Sept Bénédictions’. Elle interroge le secrétaire de l’entreprise à ce sujet et il meurt immédiatement de peur. Un garçon appelé Jim surprend cela et décide d’aider Sally avec son mystère. Sally retourne chez Mme Rees, un parent éloigné avec qui elle vit depuis la mort de son père.
Sally reçoit une lettre du major Marchbanks, lui demandant de venir le voir à Swaleness. Cependant, quand elle arrive, il lui dit qu’une femme dangereuse appelée Mme Holland est dans sa maison. Il donne à Sally un colis important à lire et lui dit ensuite de s’en aller rapidement. Elle le fait, mais est suivie par Mme Holland. Elle voit un photographe sur la jetée et il accepte de la laisser se cacher dans sa tente jusqu’au départ de Mme Holland. Sally ouvre le colis de Marchbanks dans le train de retour. C’est son journal. Elle lit une entrée sur lui servant en Inde et voyant le magnifique Rubis d’Agrapur. Elle s’endort alors et pendant qu’elle dort, un homme vole le journal, ne laissant qu’une page avec une énigme dessus.
Pendant ce temps, un homme du nom de Matthew Bedwell arrive à Londres et séjourne chez Mme Holland. Mme Holland s’intéresse à certaines informations dont il dispose, alors elle le garde drogué à l’opium pour l’empêcher de partir. Bedwell dit à Adélaïde, la servante de Mme Hollands, de contacter Sally pour lui. Adélaïde se rend chez Selby et Lockhart et parle à Jim, qui transmet la nouvelle à Sally.
Mme Holland engage un homme appelé M. Hopkins pour voler à Sally le journal avec l’énigme dessus. Il vole le journal mais est ensuite agressé et tué dans la rue. Sally est horrifiée et se rend compte qu’elle doit bouger. Elle quitte Mme Rees et se rend chez son avocat, où elle retire tout l’argent de son compte. Elle cherche alors le photographe de la plage, Frederick. Lui et sa sœur Rosa l’invitent à rester avec eux en échange de son aide dans l’entreprise.
Frederick décide d’aider Sally avec son mystère. Ils se rendent à Oxford pour trouver le frère de Bedwell, qui accepte de les aider à éloigner Bedwell de Mme Holland. Frederick emmène Sally dans une fumerie d’opium pour obtenir une partie de la drogue afin qu’ils puissent sevrer Bedwell. Sally respire accidentellement la fumée et a une vision de son passé.
Mme Holland, avec un voyou engagé appelé M. Berry, traque le voleur qui a agressé M. Hopkins et récupère le papier avec l’énigme. Pendant qu’elle fait cela, Frederick et le révérend Bedwell pénètrent dans son logement et parviennent à s’échapper avec Matthew Bedwell et Adélaïde.
Bedwell récupère et dit à Sally la vérité sur la mort de son père. Il a été assassiné par un criminel appelé Ah Ling, chef de la triade chinoise appelée The Seven Blessings. Sally décide qu’il est temps de se procurer une arme à feu pour se protéger.
Mme Holland parvient enfin à résoudre l’énigme. Elle se rend au pub de Swaleness où le Ruby est caché, mais il a disparu. Quelqu’un l’a déjà trouvé. Mme Holland est furieuse et elle riposte en kidnappant Adélaïde. Jim et Frederick la poursuivent immédiatement. Jim parvient à s’échapper avec Adélaïde, mais est à nouveau attrapé à King James’s Stairs. Là, lui et Frederick combattent M. Berry, le battant finalement. Cependant, Mme Holland est partie avec Adélaïde.
Pendant ce temps, Sally décide de reprendre l’opium pour voir plus de visions de son passé. Elle le fait et comprend soudain l’importance du Ruby. Rosa admet que Jim a trouvé le Ruby il y a quelque temps, mais l’a caché pour protéger Sally. Rosa donne le rubis à Sally. Sally s’arrange pour rencontrer Mme Holland à London Bridge, où Mme Holland explique que le Ruby lui a été promis bien avant que le Maharajah ne le donne à Lockhart. Lockhart l’a ensuite échangé contre le bébé de Marchbanks. Sally est en fait la fille de Marchbanks. Sally jette le Ruby dans la rivière, mais Mme Holland plonge après et se noie.
Juste au moment où Sally pense que tout est fini, un entraîneur s’arrête et un homme appelé Van Eeden la kidnappe. Il lui dit qu’il est Ah Ling, l’homme qui a assassiné son père pour s’être ingéré dans son commerce illégal d’opium. Il menace Sally avec un couteau, mais elle lui tire dessus et s’enfuit.
Plus tard, Sally reçoit un message pour regarder dans la tour de l’horloge de son ancienne maison. Elle trouve dix mille livres que son père a reçues pour avoir vendu sa part dans Selby et Lockhart. Elle décide de mettre l’argent pour aider les affaires de Frederick et retrouver Adélaïde disparue.