« La Conspiration Merlin » est l’histoire d’un jeune garçon et d’une jeune fille qui doivent protéger leurs différents mondes d’une conspiration magique. Le livre commence du point de vue de Roddy, une adolescente qui vit dans un monde magique et qui a un ami proche, Grundo, dont elle s’occupe car il est considéré comme plutôt lent. Cependant, lors d’une rencontre du roi d’Angleterre avec le roi d’Écosse, le vieux Merlin tombe mort, et le roi d’Écosse prend cela comme une insulte et se retire. Il y a des suggestions de jeu déloyal, mais rien de définitif.
Pendant ce temps, dans un monde qui ressemble au nôtre, Nick se rend avec son père à une conférence d’écriture, où il est entraîné dans le monde de Roddy et pris pour un garde. Capturé par un groupe qui s’occupe du prince de Galles, Nick doit entrer dans un état de transe pour surveiller ses ennemis psychiques. Là, il rencontre Romanov, un sorcier plus âgé et très intelligent.
Dans le monde de Roddy, le cortège du roi se dirige vers un château voisin, où la mère de Grundo, Sybil, trompe tout le monde avec l’eau d’un ruisseau enchanté. Grundo et Roddy n’en boivent pas et entendent plus tard Sybil et le nouveau Merlin, entre autres, comploter ; cependant, comme tout le monde a été enchanté, personne ne les croit. À ce stade, Roddy est convoquée dans la maison de son grand-père au Pays de Galles ; il la met très mal à l’aise, mais elle lui parle néanmoins de l’intrigue.
Nick, quant à lui, apprend qu’il a été repéré comme un faux et fuit les gardes à la recherche de Romanov. Il se retrouve dans les bois, où il croise un vieil ivrogne qui l’aide en lui donnant du feu. Il voit alors Roddy, qui l’a convoqué pour l’aider à renverser le complot ; cependant, il ne comprend pas.
Roddy et Grundo explorent un vieux village à proximité, où Roddy découvre la puissante magie d’une sorcière qui y vivait. Quand ils rentrent à la maison, ils s’endorment ; Gwyn, le grand-père, est parti au moment où ils se réveillent. Roddy essaie d’appeler les Little People à l’aide, ainsi que le sorcier (Nick), mais n’est pas sûr de leur aide. Elle tente de rejoindre le cortège du Roi, mais ils sont partis et personne ne sait où ils sont.
Nick se retrouve alors piégé dans son monde alternatif, mais s’échappe avec l’aide d’un éléphant qu’il trouve piégé entre les mondes. Lui et l’éléphant Mini se rendent dans le monde de Romanov, où le sorcier plus âgé est tombé malade. La femme de Romanov appelle avec colère au téléphone, mais Nick l’ignore. La situation de Romanov empire de plus en plus et une machine volante atterrit sur sa pelouse. Il s’agit de Maxwell Hyde, un Magrid qui voyage entre les mondes pour les maintenir en ordre. Il dit à Nick qu’il est sous le charme de rendre Romanov malade et lui dit de se baigner dans l’eau salée. Ensuite, Hyde et Nick parlent et Nick se rend compte que Roddy est la petite-fille de Hyde.
Ne sachant pas où aller, Roddy se rend chez ses proches à Dimber, mais découvre qu’une paire de jumeaux ennuyeux ainsi que des objets enchantés provoquent des désagréments et de profonds problèmes. Personne ne peut atteindre Hyde. Lorsque Roddy tente d’aider les créatures prises dans les objets à obtenir une meilleure affaire, sa grand-mère l’envoie chez la Dame de la Gouvernance. Cependant, bien que Roddy essaie de s’expliquer sur le complot, la Dame ne la croit pas.
Nick accompagne Hyde à Blest, le monde de Roddy, et reste avec lui à Londres. Il suit des cours de magie et Hyde réprimande sa fille Dora pour avoir utilisé des salamandres, de dangereuses créatures magiques. Des incendies éclatent dans tout le pays et la mort, sous la forme de Gwyn, arrive pour Hyde.
Roddy se rend à Londres et y trouve Nick. Elle découvre que ses parents ne sont plus avec le Roi. En méditant, Nick se rend compte que Hyde est toujours en vie. Les jumeaux arrivent et Nick se rend compte qu’ils auront besoin de l’aide de Romanov. Avec sa chèvre, ils partent à la recherche de Romanov, puis retournent dans le monde de l’arcade. Là, ils trouvent de nombreuses personnes piégées par de puissants sorts de liaison utilisés par un maître de prière stagiaire qui avait tenté plus tôt de tuer Romanov. Roddy utilise sa nouvelle magie pour aider à dissiper toutes les personnes magiques piégées. Nick fait alors appel au dragon blanc d’Angleterre, et il est révélé que le nouveau Merlin est en fait un faux.
À la fin du livre, Grundo est en lice pour devenir le nouveau Merlin, et Roddy accompagnera Maxwell Hyde avant de commencer sa formation pour devenir la prochaine Dame de la Gouvernance.