The Atlantis Gene d’AG Riddle est un thriller qui couvre le monde entier. La question de savoir comment les humains ont évolué est examinée en détail. David Vale et le Dr Kate Warner courent pour sauver le monde du génocide. Vale est un agent de renseignement et le Dr Warner est un généticien. Ensemble, ils doivent découvrir pourquoi deux enfants autistes, que le Dr Warner a soignés, ont été kidnappés et pourquoi l’agence de renseignement de Vale est reprise par des sources extérieures.
Ils découvrent qu’un groupe appelé les Immari, qui existe depuis deux mille ans, tente d’isoler un gène appelé Atlantis Gene. Ils croient que ce gène est la prochaine étape de l’évolution humaine. Ils ont emmené les deux enfants parce que le Dr Warner a découvert comment activer ce gène et les Immari veulent savoir comment. Ils ont besoin de le savoir car une race avancée, les Atlantes, sommeille sous la glace de l’Antarctique et les Immari pensent qu’ils sont une menace pour la race humaine.
Vale et le Dr Warner tentent d’arrêter le génocide non seulement des Atlantes par les Immari, mais aussi le meurtre des membres les plus faibles de la race humaine qu’ils tentent de sacrifier pour faire avancer leurs recherches et trouver le gène de l’Atlantide. Vale et le Dr Warner croient que les Atlantes ont sauvé la race humaine de l’anéantissement 70 000 ans auparavant, ils ne sont donc pas une menace pour les humains.
Vale et le Dr Warner parcourent le monde pour reconstituer les plans des Immari et essayer de démêler le plan élaboré qu’ils ont pour protéger la race humaine. Ensemble, ils doivent combattre un mal ancien qui a participé à des actes de terreur à travers l’histoire, y compris le régime nazi et les attentats du 11 septembre. L’organisation ne recule devant rien pour faire avancer leur cause. Les deux doivent reconstituer le mystère des origines de la race humaine et la course contre la montre pour arrêter une organisation au pouvoir avec des ressources illimitées alors qu’ils tentent de forcer la prochaine étape de l’évolution humaine à tout prix, tuant même la plupart de la population mondiale.