La version suivante de ce livre a été utilisée pour créer ce guide d’étude : Palacio, Derek. Les Mortifications. Livres de Tim Duggan, 2016.
Le communisme vacille sur Cuba et la famille de Soledad Encarnación en 1980. Avant qu’il ne tombe, entraînant son pays et sa famille avec lui, Soledad emballe ses jeunes enfants jumeaux, Ulises et Isabel, et se dirige vers les États-Unis. Son mari, Uxbal, reste cependant sur place, fidèle à sa foi dans la rébellion.
Une fois dans leur nouvelle maison de Hartford, Connecticut, Soledad obtient un emploi et inscrit ses enfants à l’école, où au cours des cinq années suivantes, Ulises prospère dans les études et Isabel prospère dans sa foi. Poussée par une promesse de célibat qu’elle a faite à son père dans son enfance, Isabel déclare son intention de tenir cette promesse et de rejoindre le couvent. Soledad commence à sortir avec un cultivateur de tabac néerlandais, Henri Willems, pour qui Ulises commence à travailler.
Alors qu’Isabel patine un jour sur un lac voisin, un garçon perce la surface et l’expérience d’Isabel avec sa mort la convainc qu’elle doit guider les mourants vers Dieu. Elle fait du bénévolat près d’un millier d’heures à l’hôpital local, gagnant un prix pour son service. Lors de la cérémonie de remise des prix, Isabel fait une déclaration que le public interprète comme un aveu de suicide assisté sous la surveillance de l’Église. Sa famille et l’une des religieuses la précipitent au couvent pour se réfugier, où Isabel décide de rester et, plus tard, de faire vœu de silence au noviciat.
Ulises continue d’exceller dans ses études, maintenant à l’université, ainsi que sur la plantation, jusqu’à ce qu’il se blesse au travail et doive se rétablir à la maison, où il commence à écrire sur le tabac pour des revues spécialisées. Isabel quitte sa famille pour servir Dieu au Guatemala.
Des mois plus tard, une lettre d’Uxbal, en réponse à l’un des articles d’Ulises, arrive à la maison. Il reste sur la table de la cuisine pendant des mois de plus, hantant la maison. Quand Isabel rend visite à sa famille, elle lit la lettre; après qu’elle les ait quittés pour retourner au Guatemala, la lettre disparaît. Alors, Isabel aussi. Soledad, malade d’inquiétude puis d’un cancer du sein, supplie Ulises de se rendre à Cuba pour la retrouver.
Pendant ce temps, Isabel a déjà trouvé le camp rebelle démuni de Buey Arriba, où la santé de son père s’est rapidement détériorée. Alors qu’elle tente de faire revivre Uxbal, elle apprend que lui et les autres ont perdu leur foi – dans la rébellion et en Dieu. En réponse à cette nouvelle, elle rompt son vœu de chasteté et couche avec deux des rebelles. En couchant avec le deuxième rebelle, elle rompt son vœu de silence pour exprimer le but de leur rapport sexuel : l’imprégner. Uxbal dénonce ses actions et Isabel le réprimande pour avoir perdu la foi et pour sa demande de célibat lorsqu’elle était jeune fille. Dans une tentative de restaurer une partie de la foi du camp, elle convertit l’une des huttes en chapelle. Deux enfants rebelles, Adelina et Augusto, sont attirés par elle et elle leur sert de mère porteuse. Les enfants brandissent alors des questions à Isabel sur leur identité et leur famille. Isabel est désespérée car elle ne peut pas leur dire l’identité de leur mère. Pour éviter une situation similaire pour son propre enfant, elle couche avec quatre autres hommes dans le camp afin que ni elle ni personne d’autre ne puisse connaître l’identité du père de son enfant.
Ulises atteint finalement Buey Arriba, où une vieille femme presque aveugle, Delphín, occupe l’ancienne maison des Encarnacions. Delphín, la sœur de la mère d’Uxbal, prend le fils pour son père et Ulises s’y repose brièvement avant de retrouver sa sœur au camp. Ils apprennent tous les deux les maladies respectives de leurs parents; Ulises découvre également que sa sœur est enceinte et envisage d’abandonner le camp et sa famille dès la mort d’Uxbal.
Soledad, incapable de faire face à l’absence de sa famille et à son cancer, se rend à Cuba avec Willems, contre l’avis de son médecin. Isabel n’acceptera pas dans un premier temps de rendre visite à sa mère, mais Uxbal et Ulises se précipitent vers elle. Maintenant tous deux alités, Uxbal et Soledad se rattrapent et Ulises parle avec sa mère jusqu’à ce qu’Isabel descende de la colline, honorant sa mère de sa présence une fois de plus avant qu’elle ne meure. Un grand et long cortège funèbre s’ensuit, attirant plus tard des soldats communistes dans la maison à la recherche d’Uxbal. Ulises se fait passer pour son père, alors les soldats l’arrêtent à la place.
Après environ cinq ans à travailler dans les camps puis à purger une peine de prison, l’Union soviétique s’effondre et Ulises est libre, mais le gouvernement l’accuse d’améliorer l’économie cubaine : il accepte de cultiver des tomates à Buey Arriba. Lorsqu’il revient pour la première fois dans la maison, Delphin élève les enfants rebelles Adelina et Augusta. Elle meurt immédiatement et il prend de facto la garde des frères et sœurs.
Des mois plus tard, un groupe de religieuses traverse le village ; l’un d’eux est sa sœur, qui demande à Ulises de promettre qu’il ne cherchera pas sa fille, née juste avant qu’Isabel ne dise au revoir à sa mère une dernière fois. Il acquiesce. Elle part avec les religieuses, mais pas de l’esprit d’Ulises, déclenchant une réaction en chaîne de questions des enfants. Il cède à leur curiosité en leur racontant sa vie et son retour à Cuba.