Élaine Pagels a écrit Les Evangiles Gnostiques après avoir travaillé au sein d’une équipe internationale dédiée à l’étude et à la traduction en anglais des anciens livres gnostiques trouvés à Nag Hammadi, en Égypte. Ces textes, qui datent d’environ 120 à 150 après JC, sont considérés par de nombreux experts religieux comme une découverte aussi importante que les manuscrits de la mer Morte. Les gnostiques étaient des premiers chrétiens dont les croyances et les pratiques les mettaient en contradiction avec le christianisme orthodoxe. En fait, les dirigeants de l’église chrétienne orthodoxe considéraient les gnostiques comme des hérétiques et ont fait un effort concerté après le deuxième siècle pour détruire les écrits gnostiques.
Pagels soutient dans son livre de 1979 que le principal différend entre les chrétiens orthodoxes et les gnostiques n’était pas nécessairement théologique mais centré sur le refus des gnostiques d’accepter la hiérarchie et l’autorité de l’église en tant qu’institution. Les gnostiques mettaient l’accent sur la relation d’un individu avec Dieu et croyaient que la connaissance de soi était la clé pour comprendre Dieu. Ce concept sapait l’autorité et le pouvoir de l’église orthodoxe. Les gnostiques ont également rejeté la mort littérale et la résurrection de Jésus, à travers lesquelles, selon Pagels, l’église orthodoxe a trouvé son autorité. De plus, l’église orthodoxe embrassait presque tous ceux qui professaient la foi en Christ, participaient aux rituels de l’église et reconnaissaient l’autorité de l’église; les gnostiques exigeaient d’un membre qu’il affiche des signes de maturité spirituelle et de sainteté et, souvent, qu’il subisse des initiations difficiles et chronophages. Selon Pagels, la structure hiérarchique et l’acceptation généralisée de l’Église orthodoxe l’ont aidée à surpasser le gnosticisme et à rester une force puissante pendant de nombreux siècles.
Pagels utilise de nombreux passages des textes gnostiques trouvés à Nag Hammadi et ailleurs ainsi que le Nouveau Testament. Son objectif en écrivant le livre, selon le premier chapitre, était de donner au profane une compréhension du nombre de controverses sous-jacentes au christianisme primitif qui sont toujours pertinentes pour les discussions d’aujourd’hui.