« The Schwa Was Here » raconte comment un jeune adolescent italien appelé Antsy rencontre un garçon appelé Calvin Schwa, surnommé le Schwa. Le Schwa est si ordinaire qu’il est ignoré par presque tout le monde et est fonctionnellement invisible dans une foule. Antsy et le Schwa utilisent cet « effet Schwa » pour gagner de l’argent en réalisant des défis, mais cela se retourne contre lui lorsque le Schwa se faufile dans l’appartement du vieil homme Crawley et se fait prendre. Crawley les met au travail comme ses promeneurs de chiens et paie Antsy pour être l’escorte de sa petite-fille aveugle. Antsy et le Schwa deviennent bientôt des rivaux pour son affection. Finalement, Antsy parvient à aider les Schwa en découvrant la vérité sur la disparition de sa mère. Le Schwa se rend compte qu’il ne va pas simplement disparaître par manque d’attention et commence ainsi à accepter son «invisibilité».
Le père d’Antsy travaille pour une entreprise de fabrication de plastique et a donné son mannequin en plastique « indestructible » à son fils pour qu’il le teste. Antsy et ses amis Howie et Ira décident de le jeter d’un pont pour voir s’il se brisera. En faisant cela, ils se rendent compte soudainement qu’un autre garçon les a observés. Il se présente comme Calvin Schwa. Ira raconte à Antsy tout sur «l’effet Schwa», ce qui rend difficile pour les autres de remarquer Calvin.
Antsy commence à remarquer beaucoup plus le Schwa à l’école et se lie rapidement d’amitié avec lui. Il décide d’utiliser l’effet Schwa pour son propre profit en facturant aux élèves de l’école des tâches que seuls les Schwa peuvent effectuer. Ils prennent également des paris sur des défis. Cela se passe bien jusqu’à ce que le Schwa ose entrer dans l’appartement d’un vieil homme reclus appelé Crawley et voler l’un de ses bols pour chien. Le Schwa le fait, mais il est attrapé par le vieil homme. Antsy se précipite pour aider son ami, et bientôt tous les deux ont des ennuis. Crawley décide de ne pas le dire à la police, mais de leur donner un « service communautaire » à la place. Ils travailleront comme ses promeneurs de chiens pour rembourser leur dette envers lui.
Un jour, Crawley dit à Antsy qu’il a un autre travail pour lui. Il le paiera pour être l’escorte de sa petite-fille aveugle. La petite-fille s’appelle Lexie, et bientôt Antsy et la Schwa commencent à avoir des sentiments pour elle. Cela provoque une certaine rivalité et de mauvais sentiments entre eux. Lexie décide de renvoyer Antsy comme escorte et de promouvoir le Schwa à la place. La Schwa pense qu’elle l’aime bien, mais elle donnait en fait à Antsy l’opportunité de lui demander de sortir correctement. Antsy et Lexie commencent à sortir ensemble, et quand le Schwa le découvre, il est extrêmement contrarié. Antsy essaie de s’excuser et le Schwa explique pourquoi attirer l’attention de Lexie était si important pour lui. Il pense qu’il va disparaître un jour comme sa mère l’a fait. Elle a disparu alors qu’ils étaient au supermarché, et le Schwa pense que c’est de sa faute pour l’avoir oubliée quelques instants.
Antsy veut aider son ami, alors commence à enquêter sur la disparition de sa mère. Il trouve le Night Butcher au supermarché, qui est prêt à leur dire la vérité sur cette journée. Pendant ce temps, le Schwa est déterminé à ne pas se laisser disparaître comme sa mère, alors il essaie d’attirer l’attention en mettant son visage sur un panneau d’affichage au-dessus de l’autoroute. Cela lui coûte son fonds universitaire. Cependant, le trafic de l’autoroute est dévié et personne ne voit le panneau d’affichage. Le Schwa est désemparé. Antsy l’emmène voir le Night Butcher, qui explique que la mère de Schwa s’est en fait enfuie avec le boucher. Le Schwa est en colère au début, mais plus tard, il est soulagé de savoir qu’il ne va pas simplement disparaître dans les airs.
Le Schwa confronte son père à propos de sa mère et trouve des lettres qu’elle lui a écrites. Un jour, le Schwa disparaît et sa maison est à vendre. Antsy passe un long moment à le chercher, réalisant finalement qu’il est parti retrouver sa mère. Plus tard, Antsy reçoit une lettre du Schwa disant qu’il a retrouvé sa mère et voyage avec elle pendant un certain temps. Il est enfin heureux. Pendant ce temps, Crawley est devenu très friand d’Antsy et grâce à son amitié a réappris à apprécier le monde. Il fait renvoyer le père d’Antsy de son ancien travail ennuyeux, puis lui en propose un bien mieux payé pour diriger son nouveau restaurant. C’est une fin heureuse pour tout le monde.