La suprématie de Bourne suit un protagoniste amnésique, David Webb/Jason Bourne, et sa femme canadienne qui souffre depuis longtemps, Marie St. Jacques Webb, à travers des mésaventures en Asie en tant que marionnettes du gouvernement américain.
Un assassinat spectaculaire d’un haut responsable chinois à Hong Kong suggère que le légendaire tueur à gages, Jason Bourne, est sorti de sa retraite. Les responsables de la CIA et du Département d’État américains, qui ont créé le mythe original il y a des années, savent mieux et savent que si l’assassin continue son travail, l’Asie sera plongée dans le chaos économique et peut-être la guerre. Si cela se produit, toutes les nations, y compris les États-Unis, devront prendre parti et la Troisième Guerre mondiale pourrait en résulter. Craignant que David Webb, professeur d’études orientales dans une petite université du Maine, n’accepte à nouveau le rôle de Bourne, nommé « Delta » et « Caïn » dans des opérations noires antérieures, le gouvernement kidnappe à la place sa femme, Marie, pour forcer le point.
Le personnage de Delta prend rapidement le contrôle et après avoir demandé l’aide d’un agent alcoolique de la CIA à Washington, Alex Conklin, Webb/Bourne s’envole pour Hong Kong, où il rencontre le taipan vengeur, qui prétend que le faux Bourne a assassiné sa femme. Il exige que le vrai Bourne trouve et capture le tueur. Marie sera alors libérée. Le taipan s’avère être le chef du renseignement britannique (MI6) à Hong Kong, travaillant pour les Américains, dirigés par le sous-secrétaire d’État Edward McAllister. La stratégie se dénoue lorsque Marie feint d’être malade pour être admise à l’hôpital puis s’évade. Webb/ Bourne a insisté pour qu’il entende sa voix lorsqu’il reviendra avec son prisonnier. La retrouver devient un élément majeur des affaires anglo-américaines et attire un nouveau patron, l’ambassadeur amoral Raymond Havilland.
Interdit d’entrer à Macao, Webb/Bourne y suit la piste de false-Bourne. Il rencontre un vieil ami de l’Opération Delta, un Français qui avait été « l’écho » de son Delta. Philippe d’Anjou est aussi le créateur de Faux-Bourne, un projet nécessaire pour l’accompagner dans sa vieillesse. L’ex-commando psychotique l’a coupé, alors d’Anjou est prêt à aider Webb/Bourne à le retrouver. Ensemble, ils déjouent une tentative d’assassinat du gouverneur de la Couronne à l’aéroport de Hong Kong, puis suivent l’assassin en République populaire de Chine (RPC), lorsqu’il est convoqué pour expliquer son échec. Ils le traquent à Pékin, où Webb/Bourne découvre que l’assassin a dessiné lui dans un piège. Après avoir tiré de manière spectaculaire hors du mausolée du président Mao, Webb/ Bourne reprend la chasse, seul, car d’Anjou est kidnappé sur la place Tian An Men.
Le sentier mène à une réserve ornithologique où se tiendra une conférence de haut niveau. Webb/Bourne s’infiltre dans le parc et regarde avec horreur un fou sauvage à la manière d’Hitler torturer et tuer les prétendus traîtres, qui gâchent la mission de l’aéroport. D’Anjou fait partie des prisonniers et donne sa vie pour que Webb/Bourne tue l’assassin – et son bourreau. Webb/Bourne capture le faux Bourne, le ramène clandestinement à Hong Kong et passe l’appel téléphonique pré-arrangé pour l’échanger contre Marie. Rebuté et réalisant qu’il a été retrouvé, Webb/Bourne suppose que Marie est morte, craque mentalement et traîne son prisonnier jusqu’au manoir consulaire américain dans l’intention de se venger au maximum des marionnettistes. Il fait un travail militaire spectaculaire.
Aidée par un vieil ami du consulat canadien et plus tard par Conklin et Panov, Marie, déguisée en femme plus âgée, arrive à la maison et intervient. Ce n’est que lentement que Webb/ Bourne la reconnaît. A dit la vérité sur sa mission et montré le dossier sur l’homme derrière le complot menaçant le monde, Webb/Bourne reconnaît Sheng Chou Yang, le meurtrier d’Echo. Il se porte volontaire pour retourner en RPC, emmenant McAllister, un diplomate milquetoast qui connaît Sheng et pense qu’il peut s’approcher suffisamment pour le tuer. Dans un champ en Chine, ils affrontent leur ennemi, le tuent et déposent des preuves incriminantes sur son corps. Après avoir sauvé l’Asie et le monde, les Webb sont autorisés à reprendre une vie normale.