Le roman The Counterlife raconte plusieurs versions de la même histoire. Parfois, les histoires semblent être de légères modifications des autres, et d’autres fois, les histoires sont des révisions complètes et drastiques.
La première partie raconte l’histoire d’Henry Zuckerman, qui risque sa vie en se faisant opérer du cœur afin de pouvoir arrêter de prendre des médicaments qui l’ont privé de sa puissance sexuelle. A moins de quarante ans, le dentiste Henry ne peut pas affronter la vie sans avoir la possibilité d’avoir des relations sexuelles avec sa femme ou sa maîtresse et assistante. Bien que le médecin essaie de le convaincre de ne pas subir l’opération risquée, Henry est déterminé. Peu de temps avant son opération, Henry se confie à son frère aîné, Nathan, sa situation difficile et son désir de retrouver sa virilité, et c’est Nathan qui essaie de comprendre ce qui pousse son frère à des mesures aussi drastiques.
Dans la partie 2, Henry ne meurt pas de la chirurgie, mais son rétablissement émotionnel de l’opération fait défaut. Bien que l’opération soit un succès physique, Henry sent le vide dans sa vie. Lors d’un voyage d’agrément en Israël, Henry a l’impression d’avoir perdu le contact avec son héritage juif. Cette notion persiste même après le retour d’Henry aux États-Unis, et un jour, sans avertissement, Henry quitte son cabinet dentaire et prend l’avion pour Israël. Nathan se rend en Israël pour rencontrer Henry dans le but d’obtenir des réponses sur les actions inattendues d’Henry.
Pendant son séjour en Israël, Nathan rencontre de nombreux personnages inoubliables. Nathan, qui n’a jamais beaucoup pensé à son héritage juif au-delà de son potentiel d’humour dans ses nombreux romans, a du mal à comprendre les passions religieuses et patriotiques des habitants des colonies israéliennes.
La partie 3 consiste en une aventure en vol de Nathan. Ce qui commence comme une idée absurdement comique d’un jeune homme détournant l’avion au profit du peuple juif aboutit à une situation dénuée de tout humour.
Dans la quatrième partie, Nathan, et non Henry, est décédé des suites d’une opération cardiaque. Contrairement aux raisons invoquées par Henry pour risquer une opération chirurgicale pour retrouver la capacité d’avoir des relations sexuelles récréatives, Nathan risque l’opération afin de pouvoir devenir père. Henry essaie d’assister aux funérailles afin d’apaiser certains griefs envers son frère aîné, mais d’abord l’éloge funèbre de son frère qui fait l’éloge du livre même qui a causé la séparation, puis la découverte d’un manuscrit non publié ravive toute la colère d’Henry envers Nathan.
La cinquième partie semble se dérouler en Angleterre où Nathan a récemment déménagé après avoir épousé une Anglaise, Maria. Maria est enceinte de cinq mois de leur enfant et ils attendent avec impatience une vie heureuse ensemble. Ils rénovent une maison dans la région du Grand Londres, et Maria et Nathan croient qu’ils ont atteint les moments les plus heureux de leur vie. L’exposition de Nathan au système de classe anglais et sa première expérience d’antisémitisme manifeste l’amènent à réévaluer ses plans, et la discussion qui s’ensuit mène à une dispute sérieuse et dommageable avec sa nouvelle épouse. L’argument fournit également des indices sur la façon dont les différentes versions des mêmes histoires sont liées les unes aux autres.