Un groupe d’amis est réuni par la découverte d’une transmission extraterrestre provenant d’une planète étrangère. La planète s’appelle Rakhat et la découverte est un catalyseur des événements passionnants et tragiques qui s’ensuivent. Emilio Sandoz, le personnage central, est un prêtre de la Compagnie de Jésus. Après avoir échappé à un passé sombre de drogue et de violence grâce à la prêtrise, il devient un linguiste talentueux. Son chemin avec la Compagnie de Jésus l’amène à croiser la route de tous ceux qui composeront plus tard l’équipage de la mission sur la planète Rakhat. Le voyage vers Rakhat commence à Porto Rico, la maison de Sandoz. Un astronome et ami de Sandoz, Jimmy Quinn, capte une transmission radio musicale provenant d’une autre planète. Emilio Sandoz est le premier à suggérer qu’une mission soit organisée pour trouver la source de la transmission extraterrestre. Il espère servir de linguiste pour interpréter la langue ou les formes de communication étrangères. La Compagnie de Jésus soutient l’idée spirituellement et financièrement et aide à organiser l’équipage. Sandoz sait que les compétences de ses amis lui seront utiles pendant le voyage et que leurs destins sont donc liés. L’équipe de la mission est composée de quatre prêtres ; Emilio Sandoz, son supérieur DW Yarbrough, le musicien Alan Pace et Marc Robichaux ; le jeune astronome Jimmy Quinn ; une experte en intelligence artificielle, Sofia Mendes, et mari et femme, ingénieurs et médecins, George et Anne Edwards.
L’équipage et la Société des Jésuites croient que la mission est la volonté de Dieu et l’expression « deus vult » signifiant « Dieu le veut » devient une expression courante pour l’expédition. Le groupe partage une véritable camaraderie et le voyage amène chacun à sa propre relation avec Dieu et offre une nouvelle perspective sur la vie. Malheureusement, voyager vers une planète étrangère s’avère comporter des obstacles que personne ne prévoit, même pour un groupe en mission pour Dieu. L’intrigue se déroule à travers les souvenirs d’Emilio Sandoz, après son retour seul de mission. La Compagnie de Jésus exige qu’il fasse un rapport sur tout ce qui s’est passé, mais le processus est plus difficile qu’on ne l’imaginait. L’équipage rencontre deux cultures sur la planète, les Runa et les Jana’ata. Les Runa se lient immédiatement d’amitié avec eux, mais la culture des Jana’ata, l’espèce dominante de la planète, devient leur perte. La société Jana’ata est une version grossière, intense et presque hédoniste de la société humaine sur Terre et les différences provoquent un fossé crucial dans la communication.
La mission leur donne un aperçu inestimable d’une nouvelle planète et de sa culture et, selon ses pairs, marque la transition de Sandoz vers la sainteté. Cependant, à l’exception d’Emilio Sandoz, tous les membres de l’équipage meurent, certains brutalement. Emilio doit maintenant trouver un moyen de renouveler son amour pour Dieu et trouver un sens à l’existence de la culture Rakhat et à la perte de ses amis.