Le journal du rhum est le premier roman de Hunter S. Thompson. Écrit alors qu’il perfectionnait encore ses compétences, ce roman montre un aperçu du brillant style d’écriture musicale pour lequel Thompson deviendra connu plus tard dans sa carrière. L’intrigue met en scène un jeune écrivain qui se retrouve sur le territoire vierge de San Juan, à Porto Rico, en train d’écrire pour un journal qui va bientôt faire faillite. Cet écrivain, Paul Kemp, arrive à Porto Rico avec l’espoir de vivre l’aventure, mais il y trouve l’amour, la jalousie et la violence, le tout mariné dans du rhum. C’est une histoire volatile qui plaira aussi bien aux nouveaux qu’aux anciens fans de Thompson.
Paul Kemp se saoule avant de monter dans l’avion pour Porto Rico afin de mieux supporter le vol. Avant de monter à bord, il voit une belle fille qu’il aimerait rencontrer monter à bord du même avion. Paul se précipite pour saisir les deux seuls sièges libres côte à côte afin d’inciter la jeune fille à s’asseoir à côté de lui, mais un vieil homme prend le siège que Paul a réservé pour la jeune fille. Paul tente de déplacer l’homme et est accusé de coups et blessures. La fille s’enfuit, donnant le ton à toute la nuit de Paul. Une fois que Paul arrive à San Juan et s’installe dans son hôtel, il part à la recherche d’un restaurant pour le dîner, mais n’en trouve pas de convenable. Paul décide de se rendre dans les bureaux du journal pour lequel il est venu travailler, Les nouvelles quotidiennes de San Juan.
Au bureau, Paul rencontre un photographe, Richard Sala. Sala emmène Paul dans un bar local qui sert des hamburgers pour le dîner et le présente à quelques autres journalistes qui travaillent au journal. L’un d’eux est Yeamon, un homme grand et instable. Sala prévient Paul que Yeamon est un problème. Il s’avère que Yeamon connaît la fille que Paul a vue dans l’avion. La fille, Chenault, est la petite amie de Yeamon. Malgré ce revers, Paul et Yeamon se sont bien entendus. Au cours des jours suivants, Paul s’installe au journal et se lie d’amitié avec plusieurs autres personnes qui y travaillent. Paul se lie également d’amitié avec un responsable des relations publiques local nommé Sanderson. Cependant, Paul découvre que son nouveau patron est un homme paranoïaque qui n’a pas le respect de ses employés. Pour cette raison, le journal est géré avec peu de supervision et on dit constamment qu’il est sur le point de fermer ses portes. On dit à Paul de ne pas se mettre trop à l’aise.
Paul rend visite à Yeamon et Chenault chez eux à la campagne un matin et les trouve nageant nus dans l’océan. Paul est frappé par la relation facile entre ces deux-là et est jaloux non seulement de leur relation, mais aussi de leur jeunesse et de leur bonheur simple. Paul part et revient peu de temps après. Chenault prépare le petit-déjeuner à tout le monde et Paul se retrouve encore plus attiré par sa beauté et son esprit, même s’il observe le contrôle et le manque de respect que Yeamon lui témoigne. Quelques semaines plus tard, Paul est entraîné dans une bagarre entre Yeamon et leur patron. Yeamon a écrit un article sur l’immigration des Portoricains à New York. Cet article fait vingt-quatre pages et pratiquement inutile pour le journal. Le patron menace de licencier Yeamon lorsqu’il refuse de le modifier. Ensuite, le patron donne la pièce à Paul et lui dit de la modifier. Cependant, après avoir lu l’article, Paul décide qu’il devrait être publié en cinq parties, refusant de le modifier. Le patron devient furieux et renvoie quand même Yeamon.
Paul et Sala rendent visite à Yeamon quelques jours plus tard pour voir comment il se porte sans revenu stable. Sala et Paul voient Yeamon frapper Chenault avant qu’ils ne partent tous les trois prendre quelques verres dans un bar local qui, selon Yeamon, lui donnera du crédit. Cependant, une fois qu’ils ont partagé plus de dix dollars de rhum, le gérant du bar insiste pour qu’ils règlent leur note. Yeamon refuse et ne permettra pas non plus à Sala ou à Paul de payer. Tous les trois partent et sont pourchassés par les clients du bar et la police locale. Une bagarre éclate et les trois hommes sont roués de coups avant d’être placés en garde à vue. Au tribunal plus tard dans la nuit, les flics mentent et disent que Paul, Sala et Yeamon ont déclenché la bagarre. Sanderson se présente et laisse tomber quelques noms influents qui persuadent le juge de fixer la caution des trois.
En échange de l’aide de Sanderson au tribunal, Paul accepte plusieurs missions d’écriture pour quelques clients de Sanderson. L’une d’entre elles oblige Paul à se rendre sur une petite île voisine où un homme d’affaires s’apprête à ouvrir un complexe hôtelier. Ensuite, Paul se rend à Saint-Thomas pour rencontrer Yeamon et Chenault au carnaval. Le carnaval est une fête bruyante et incontrôlable en ville, alors Paul et ses amis se rendent sur la jetée pour trouver une fête plus calme parmi les yachts. Quelqu’un leur propose d’aller à une fête dans une maison à la périphérie de la ville. À leur arrivée, Chenault part danser avec des locaux. Avant que Paul et Yeamon ne réalisent ce qui se passe, Chenault est emmené avec des hommes aux intentions clairement perverses. Paul et Yeamon tentent de sauver Chenault, mais sont arrêtés par les locaux. Le lendemain, ils se rendent à la police, mais n’y trouvent que peu d’aide. Paul et Yeamon décident de rentrer chez eux et espèrent que tout ira pour le mieux.
Paul retourne au travail en essayant de ne pas penser à Chenault et à ce qui aurait pu lui arriver. Un soir, Chenault arrive à sa porte, visiblement perturbée par ce qui lui est arrivé sur l’île. Paul l’accueille en se disant qu’il la renverra à Yeamon le lendemain. Cependant, Paul ne peut pas se forcer à la renvoyer. Lorsque Yeamon apprend le retour de Chenault, il renonce à son attachement. Paul et Chenault deviennent amants.
Quelques jours plus tard, le papier se plie. Les journalistes sont tellement en colère qu’ils traquent le patron lors d’une fête et l’attaquent, avec l’intention de lui infliger des blessures corporelles pour les avoir tous laissés sans ressources, y compris Yeamon. Le patron repousse leur attaque pour mourir d’une crise cardiaque quelques minutes plus tard. Yeamon et un autre journaliste ont mené l’attaque et sont accusés d’avoir causé la mort. Paul aide Yeamon à s’échapper de l’île avant de planifier son départ pour New York pour être avec Chenault.