Le Jardin Secret de Frances Hodgson Burnett est une histoire de renaissance grâce au pouvoir de l’amour. Il s’ouvre avec Mary Lennox, une fillette de 10 ans qui vit en Inde avec ses parents anglais. Elle est terriblement négligée par eux, ce qui la rend maladive, désagréable et exigeante. Lorsque ses parents meurent dans une épidémie de choléra, Mary est envoyée vivre avec son oncle, Archibald Craven, dans le Yorkshire, en Angleterre. M. Craven vit dans un immense manoir de près de 100 pièces, dont la plupart sont inutilisées depuis le décès de sa femme 10 ans plus tôt, un événement qui l’a laissé dans le dénuement. Lorsqu’elle arrive au domaine Misselthwaite, les domestiques lui font savoir que son oncle ne fera aucune attention à elle et qu’elle devrait se débrouiller seule.
Peu de temps après son arrivée, Mary découvre un jardin secret sur le domaine, fermé à clé depuis 10 ans. Elle devient enchantée par l’idée du jardin et déterminée à le trouver, et finalement elle le localise et entre. Il semble abandonné, mais elle trouve quelques brins de nouvelles pousses et commence à s’en occuper même si elle ne connaît rien au jardinage. Mary se lie d’amitié avec Ben Weatherstaff, un jardinier du domaine, et l’interroge sur le jardin, mais il précise qu’il ne faut pas en discuter. Elle apprend que le jardin appartenait à feu Mme Craven et que son mari a ordonné qu’il soit fermé à clé après sa mort car cela lui causait trop de douleur. Mary se lie également d’amitié avec Dickon Sowerby, le frère de sa femme de ménage Martha, qui est une grande amoureuse de la nature et aimée de tous les êtres vivants, y compris tous les animaux qu’il rencontre, et il commence à aider Mary à s’occuper du jardin.
Après avoir entendu le doux bruit des pleurs de temps en temps dans la maison, Mary découvre finalement Colin, le fils malade et exigeant de M. Craven, qui reste isolé dans sa chambre et ne devrait pas vivre longtemps. Mary et Colin sont des âmes sœurs et quand elle lui parle du jardin secret, il devient déterminé à le voir par lui-même. Elle amène Dickon à sa rencontre et ils conspirent pour emmener Colin au jardin dans son fauteuil roulant, mais en gardant le secret pour les adultes de la maison. Tout comme Mary a grandi en meilleure santé physique et mentale en passant du temps dans le jardin, Colin commence immédiatement à se transformer lorsqu’il y entre et déclare qu’il vivra désormais éternellement.
À l’arrivée du printemps, le jardin commence à prospérer au même rythme que la santé de Colin et Mary. Bientôt, Colin est capable de se tenir debout et de marcher, mais les enfants gardent cela secret car il veut surprendre son père à son retour de voyage, en espérant que sa santé améliorée permettra à son père de l’aimer. À l’insu des habitants du manoir, M. Craven a entamé une transformation simultanée grâce au pouvoir spirituel du jardin. À son retour à Misselthwaite, il est surpris de constater que le jardin a été découvert et prospère à nouveau et ravi que son fils, qu’il regrette d’avoir négligé toutes ces années, soit désormais fort et en bonne santé grâce à sa connexion avec la nature et le pouvoir de l’amour qui vient du jardin secret.