L’ouverture ludique du livre raconte l’affection de l’auteur pour les fées et promet au lecteur que de vraies fées vont faire leur apparition dans l’histoire. Jared, un garçon âgé d’environ huit ou neuf ans, se sent confus alors qu’il emménage dans une vieille maison victorienne avec son frère jumeau Simon, sa sœur aînée Mallory et sa mère Helen Grace. Son père vient de déménager et n’est pas avec la famille. Jared s’était battu à l’école et maman espère qu’il aura un tout nouveau départ maintenant. L’atmosphère effrayante de la nouvelle maison de la famille est évoquée dès le début car la maison est grande mais en mauvais état et la grand-tante Lucinda, propriétaire de la maison, est maintenant dans un asile psychiatrique. Juste dans la maison, les enfants entendent le bruit de quelque chose qui grince dans les murs et devinent qu’il s’agit d’un écureuil. Les deux jumeaux partagent une chambre, Simon installant des conteneurs d’aquarium avec des souris et d’autres petits animaux. Le premier soir, Mallory entre dans la chambre des garçons en se plaignant d’entendre à nouveau le bruit de l’écureuil. Les enfants de Grace enquêtent en bas, et après avoir entendu à nouveau le bruit, Mallory ouvre le mur et ils trouvent une sorte de nid contenant des objets étranges, comme des coupures de journaux et une chaîne de cafards.
Pour une enquête plus approfondie, Jared monte à l’étage sur un petit monte-charge et trouve une bibliothèque scellée. Il prend une note contenant un poème faisant allusion à un secret particulier dans la maison. Jared entend un bruit et voit une nouvelle trace de poussière d’écriture, l’avertissant de se méfier. Maman rentre à la maison et ce n’est que plus tard que Jared peut à nouveau descendre le monte-plats. Le matin, les cheveux de Mallory sont attachés en nattes au montant du lit et elle a des bleus sur les bras. Maman soupçonne que Jared l’a fait, tandis que Jared pense que la créature qu’ils suivaient l’a fait. Il monte les escaliers devant le grenier jusqu’à une petite pièce, essayant de suivre les indices du poème qu’il a. Il trouve un livre intitulé The Field Guide, détaillant les habitudes de tout un groupe de fées et d’autres créatures. Jared montre le livre à sa sœur aînée, mais elle le considère comme des histoires de bébé.
La nuit suivante, après avoir lu la majeure partie du livre, Jared se rend à la cuisine et laisse de la farine pour retrouver la trace de la créature, que Jared soupçonne d’être un épouvantard. Jared doit monter à l’étage quand sa mère sort. Le matin, Simon a des bleus et la cuisine est en désordre. De plus, les têtards de Simon ont été congelés dans des glaçons et les souris de compagnie de Simon ont disparu. Maman commence à soupçonner que Jared est devenu fou. Jared trouve les restes de l’ancien nid de la créature et décide de le reconstruire dans un nichoir. Après beaucoup de tension, Jared demande à ses frères et sœurs de l’aider à monter le monte-charge et à élever le nid d’oiseaux pour l’épouvantard. Une porte est découverte et les trois enfants examinent la bibliothèque. Après cela, les choses sont calmes pendant environ une semaine. Quand maman part faire les courses, les trois enfants remontent à la bibliothèque. Là, ils rencontrent enfin l’épouvantard qui, tout en les remerciant pour la nouvelle maison, les avertit de détruire le guide de terrain, sinon ils sont en danger.