S’ouvrant sur un suicide dans un bureau du gouvernement, Le gentil et le bon plonge le lecteur dans un roman qui explore les multiples aspects de l’amour, dont l’obsession, le désintérêt et les secrets que les individus se cachent les uns des autres. Le roman tourne autour des enchevêtrements, des secrets et des relations d’une famille élargie. John Ducane, chargé d’enquêter sur le suicide de Radeechy, est impliqué avec deux femmes. L’une est une jeune femme nommée Jessica, qui est obsédée par lui et le manipule pour poursuivre leur relation. La deuxième femme, Kate Gray, est l’épouse de son collègue, Octavian, et ils se sont lancés dans une relation platonique aux yeux de son mari et de sa famille. Au fur et à mesure que le roman progresse, l’anxiété de Ducane face à l’enquête, la culpabilité face à sa relation avec Jessica et la peur que les femmes apprennent à se connaître se mélangent.
Les autres membres de la maison sont également confrontés à des problèmes et aux conséquences du fait de se cacher des choses les uns aux autres. Pierce, un jeune homme qui vit au domaine Grey dans le Dorset avec sa mère, poursuit la fille de Kate et Octavian, Barbara. Alors que Barbara le rejette, Pierce devient de plus en plus obsédé par elle et par la baignade dans la grotte de Gunnar, qui n’est accessible qu’à marée basse. Sa mère Mary est troublée par le fait qu’aucun des deux hommes vivant sur le domaine ne lui confie ses secrets et aspire à une relation amoureuse. Le frère d’Octavian, Theo, est rentré d’Inde sous un nuage et Willy, un universitaire réfugié, refuse de parler à qui que ce soit de son séjour à Dachau. Paula, une autre femme vivant dans la maison, est tourmentée à l’idée qu’un ancien amant revienne la voir.
Au cours de son enquête, Ducane découvre que Radeechy s’était livré à une sorte de « magie » dans les coffres-forts situés sous le bureau. McGrath, le messager du bureau, a fourni des objets comme des pigeons, qui ont été tués lors du rituel, et sa femme, Judy, pour les activités secrètes de Radeechy. Radeechy a payé McGrath, en partie pour le faire taire, et après la mort de Radeechy, McGrath tente de faire chanter Ducane à propos de Jessica et Kate, envoyant finalement les deux lettres révélant les relations de Ducane avec elles deux. Ducane découvre également que Radeechy s’est suicidé, en partie parce qu’il avait tué sa femme. Richard Biranne, l’ex-mari de Paula, avait une liaison avec elle et était présent lorsque Radeechy l’a tuée.
Alors que les secrets des personnages commencent à se dévoiler, Pierce nage dans la grotte de Gunnar, suivi de Ducane, qui tente de le sauver de la marée haute. Les deux passent une nuit pénible dans la grotte, mais survivent. Par la suite, Ducane réunit Paula et Richard après avoir reçu une lettre de son ancien amant indiquant qu’il ne viendra finalement pas. Jessica et Kate mettent toutes deux fin à leur relation avec Ducane et Jessica commence à poursuivre Willy. Pierce et Barbara sont unis et Théo reçoit une lettre qui lui fait penser à retourner en Inde. Ducane et Mary se rendent compte qu’ils s’aiment et se marient.