The Atlantis Gene d’AG Riddle est un thriller qui traverse le monde. La question de savoir comment les humains ont évolué est examinée en détail. David Vale et le Dr Kate Warner se battent pour sauver le monde du génocide. Vale est un agent de renseignement et le Dr Warner est un généticien. Ensemble, ils doivent découvrir pourquoi deux enfants autistes, que le Dr Warner soignait, ont été kidnappés et pourquoi l’agence de renseignement de Vale est reprise par des sources extérieures.
Ils découvrent qu’un groupe appelé Immari, existant depuis deux mille ans, tente d’isoler un gène appelé gène Atlantis. Ils pensent que ce gène constitue la prochaine étape de l’évolution humaine. Ils ont emmené les deux enfants parce que le Dr Warner a découvert comment activer ce gène et les Immari veulent savoir comment. Ils ont besoin de le savoir, car une race avancée, les Atlantes, sommeille sous la glace de l’Antarctique et les Immari croient qu’ils constituent une menace pour la race humaine.
Vale et le Dr Warner tentent d’arrêter non seulement le génocide des Atlantes par les Immari, mais aussi le meurtre des membres les plus faibles de la race humaine qu’ils tentent de sacrifier pour faire avancer leurs recherches dans la recherche du gène de l’Atlantide. Vale et le Dr Warner pensent que les Atlantes ont sauvé la race humaine de l’anéantissement 70 000 ans auparavant et qu’ils ne constituent donc pas une menace pour les humains.
Vale et le Dr Warner parcourent le monde pour reconstituer les plans des Immari et tenter de démêler le plan élaboré dont ils disposent pour protéger la race humaine. Ensemble, ils doivent combattre un mal ancien qui a participé à des actes de terreur tout au long de l’histoire, notamment sous le régime nazi et les attentats du 11 septembre. L’organisation ne recule devant rien pour faire avancer leur cause. Les deux doivent reconstituer le mystère des origines de la race humaine et faire une course contre la montre pour arrêter une organisation puissante aux ressources illimitées alors qu’elle tente de forcer la prochaine étape de l’évolution humaine à tout prix, voire en tuant la majeure partie de la population mondiale.