« Le Crayon Rouge » est un roman pour jeunes adultes d’Andrea Davis Pinkney qui raconte près de dix mois de la vie d’une jeune Soudanaise de 12 ans nommée Amira, de septembre 2003 à avril 2004, alors que son village est détruit par la guerre et que elle cherche à dépasser le désespoir pour aller à l’école. Lorsque le roman commence, Amira vient d’avoir 12 ans et est pleine d’espoir et contente. Elle a des parents aimants – son père, Dando, et sa mère, Muma – et une sœur cadette, Leila, qui est à la fois une source de contrariété et une source d’amour. Amira vit dans une ferme avec sa famille, cultivant entre autres du blé et des mangues. Pour eux, la vie est simple et bonne, même si Amira rêve de quelque chose de plus. Sa meilleure amie, Halima, a déménagé avec sa famille à Nyala, où Halima fréquente l’école primaire de Gad. Amira aspire à apprendre à lire et à écrire. Elle sait déjà dessiner et dessine de magnifiques images dans le sol sablonneux de sa maison. La mère d’Amira est très opposée à cela, estimant que la place d’une femme est de se marier, d’avoir des enfants et de faire des tâches ménagères – et non de perdre son temps en lettres.
Au fil du temps, Amira remarque des regards troublés sur les visages de ses parents et des adultes du village voisin. Les parents d’Amira lui expliquent à différents moments qu’une guerre a éclaté, dans laquelle la milice Janjaweed massacre tous ceux qu’elle juge inférieurs à eux-mêmes. Un jour, juste après le petit-déjeuner, la milice Janjaweed arrive et massacre des centaines de villageois et d’agriculteurs innocents, dont le père d’Amira. Amira est stupéfaite, car son monde presque parfait a été brisé par la violence et la guerre. Old Anwar, ami de la famille et voisin, décide que tous les survivants de l’attaque doivent fuir en tant que réfugiés vers le camp surpeuplé de personnes déplacées de Kalma, près de Nyala.
Là, Amira tombe dans un tel désespoir qu’elle ne parle plus et ne dessine plus dans la terre. Un jour, une jolie femme blanche étrangère nommée Miss Sabine visite le camp et distribue des crayons jaunes et des blocs-notes jaunes à tous les enfants. Amira se sent très mal, car elle n’a rien reçu. Miss Sabine, cependant, a un crayon rouge et un autre bloc jaune qu’elle donne volontiers à Amira. Amira est ravie. Lentement, elle recommence à dessiner, décrivant l’assaut contre son village et sa maison pour se sortir cela de la tête. Le vieux Anwar sait qu’Amira guérit lentement. Lorsque Leila et son ami Gamal prennent le crayon et le bloc-notes d’Amira, Amira devient furieuse et finit par parler, leur disant de lui rendre son crayon et son bloc-notes rouges. Ils le font et sont incroyablement heureux de voir Amira parler une fois de plus.
Le vieux Anwar consent alors à donner à Amira des cours d’écriture, de lecture et de mathématiques. Les cours se font en secret, car Muma n’approuve toujours pas que les filles apprennent autre chose que les tâches ménagères et agricoles. Finalement, Amira décide ce qu’elle veut faire de sa vie : elle veut pouvoir lire et écrire à volonté et apprendre aux autres à lire et à écrire. Elle décide de se faufiler hors du camp et de se rendre à Nyala, et de trouver un moyen d’entrer à l’école primaire de Gad. Pour ce faire, elle doit traverser une zone de guerre. Elle se souvient des enseignements du Coran, que lui a enseignés le vieil Anwar, pour toujours suivre le chemin le plus lumineux. C’est alors que le vieil Anwar arrive, tentant d’abord de faire revenir Amira à Kalma, puis décidant de protéger Amira lors de son voyage à Nyala en l’accompagnant jusqu’à la ville.