Le capitaine Pantoja et le service spécial de Mario Vargas Llosa se déroule sur une période de trois ans, de 1955 à 1958. Le protagoniste principal Pantaleón Pantoja vient d’être promu capitaine de l’armée péruvienne. Soldat administratif de carrière, Pantoja a la réputation d’être une flèche droite et un membre intègre des forces armées de son pays. Le jour de sa promotion, le capitaine Pantoja rencontre plusieurs officiers de haut rang pour recevoir les détails de sa prochaine affectation. Pantoja est ravi à l’idée que les généraux souhaitent lui donner personnellement ses nouveaux ordres et Pantoja est presque hors de lui d’impatience.
Pantoja, sa femme Pocha et sa mère bien-aimée, Leonor, déménageront à Iquitos dans la région de la jungle amazonienne du Pérou. Le capitaine Pantoja, gonflé par les éloges que lui ont prodigués ses supérieurs, s’est vu confier une tâche plutôt difficile et a été chargé de maintenir le plus haut degré de secret dans l’exercice de ses fonctions. En bref, le capitaine Pantoja se voit confier la responsabilité de rechercher et de mettre en œuvre un service de prostitution dédié uniquement à répondre aux besoins physiques du personnel de l’armée péruvienne stationné dans des installations isolées de l’Amazonie péruvienne. Au départ, Pantoja est quelque peu ambivalent quant à sa nouvelle mission. Cependant, parce qu’il est un soldat modèle et intensément fier de porter l’uniforme des forces armées péruviennes, il se lance dans son travail avec un grand enthousiasme et une efficacité spectaculaire. En raison de la nature délicate de sa mission, Pantoja doit travailler sous couverture. Sa femme et sa mère ne doivent jamais savoir ce que l’armée lui a demandé de faire. Dans le cadre de la création du Service spécial (le nom du réseau de prostitution de l’armée), Pantoja noue des relations de travail étroites avec les proxénètes, les prostituées et les arnaqueurs de la région d’Iquitos. Ces personnages deviennent finalement la famille de substitution de Pantoja.
Alors que Pantoja s’occupe du Service spécial, une autre affaire se pose dans la région amazonienne. Un moine voyou nommé Frère Francisco a rassemblé des adeptes de toute la région. Francisco prêche que la crucifixion est la voie du salut et ses fidèles sont connus pour faire des sacrifices de petits animaux ainsi que d’insectes. Cependant, l’inquiétude suscitée par la secte de Francisco (connue sous le nom des Frères de l’Arche) atteint le niveau d’une panique généralisée lorsqu’un jeune garçon est crucifié dans la ville de Moronacocha. « Le garçon martyr », comme on l’appelle, est vénéré et prié par ceux qui suivent frère Francisco. Lorsqu’une vieille femme est crucifiée, le gouvernement péruvien ordonne à l’armée de capturer frère Francisco.
Le service spécial devient de plus en plus populaire parmi toutes les branches de l’armée péruvienne et bientôt Pantoja a les mains pleines. Cependant, lorsqu’il engage une prostituée connue sous le nom de Brésilienne et que les histoires du service spécial de l’armée commencent à se répandre dans toute la région, la vie professionnelle et personnelle du capitaine Pantoja commence à s’effondrer et les ennuis commencent.