The Beekeeper’s Apprentice de Laurie R. King raconte comment une jeune fille devient l’apprentie du grand Sherlock Holmes. Elle est tellement absorbée par le livre qu’elle lit qu’elle tombe sur lui en marchant. Bien qu’au début, elle semble impertinente et argumentative, Holmes voit immédiatement à travers son placage. Il reconnaît qu’enfin, après avoir complètement abandonné, il a enfin trouvé une personne digne d’être formée comme apprenti. Le fait de savoir qu’il a enfin trouvé quelqu’un qui défie et comprend son esprit analytique est revigorant et insuffle une nouvelle vie au super détective qui s’était retiré à Sussex Downs et était devenu dépendant de la cocaïne. Avec le défi de mentorer la jeune Mary, il trouve un nouvel enthousiasme pour la vie.
Holmes commence par défier Mary avec des énigmes de toutes sortes. Quand il ne teste pas son esprit avec des énigmes, ils jouent aux échecs ou travaillent dans son laboratoire. Il devient rapidement le père que Mary a perdu dans un accident plusieurs années auparavant, et Mme Hudson qui est la gouvernante et compagne de Sherlock comble le grand trou que la mère de Mary a laissé à sa mort. Lentement, ils se guérissent. Mary s’épanouit sous la tutelle de Holmes et l’éducation de Mme Hudson dans tous les autres domaines, et Sherlock revient à la vie avec la compagnie de Mary. Les tests qu’il conçoit deviennent de plus en plus difficiles, et les pouvoirs de déduction et d’observation de Mary se renforcent sans cesse. Enfin, Holmes l’amène dans une nouvelle affaire. Ensemble, ils résolvent le mystère entourant la cliente et découvrent que son mari n’est pas le traître qu’elle craignait qu’il soit, en arrêtant l’homme responsable. Le frisson de résoudre l’affaire revigore Mary. Lorsque le gérant de sa ferme lui parle d’un vol local à l’auberge, Mary est impliquée, mais Holmes semble désintéressé, lui disant d’aller de l’avant mais de le laisser en dehors de cela. Sa motivation est cependant plus de lui donner la confiance nécessaire pour aller de l’avant par elle-même, et elle le fait. Résoudre cette affaire équivaut à une dépendance dans le high que cela donne à Mary et Holmes, bien que disponible si nécessaire, est fière de sa réussite.
Mary est acceptée à Oxford et sa vie est divisée. Une partie du temps, elle est une étudiante assidue et intelligente, étudiant et enrichissant son esprit, et lorsque les pauses entre les sessions se produisent, elle retourne à Holmes où elle se sent le plus chez elle. Lorsque les attentats contre la vie de Sherlock commencent, Mary se rend compte pour la première fois que le travail qu’ils font peut aussi être dangereux. Pour tenter d’aller au fond de son antagoniste, lui et Mary utilisent des déguisements pour voyager, quittent Londres pendant plusieurs semaines tandis que Mycroft Holmes et l’inspecteur Lestrade tentent de démêler l’identité du cerveau, et dans les semaines qui suivent Holmes et Mary résolvent encore un autre cas. Cette fois, ils doivent apparaître comme des adversaires eux-mêmes. C’est une ruse difficile qui fait parfois douter Mary d’elle-même, mais le jeu du chat et de la souris fonctionne. Les preuves amènent Mary à se rendre compte que leur adversaire est en fait son professeur de mathématiques, Miss Donleavy. Donleavy est la fille de Moriarty, l’adversaire mort de longue date de Holmes. Dans une confrontation finale, Donleavy affronte Mary et Holmes dans son laboratoire, les prenant par surprise. Sous la menace d’une arme, elle exige que Holmes signe une lettre de suicide, promettant la liberté de Mary en retour, bien qu’elle lui ait déjà tiré une balle dans le bras. Lorsque Mary utilise une ouverture pour s’attaquer à Donleavy, elle est abattue une deuxième fois, mais la balle traverse son épaule et pénètre dans le cœur de Donleavy, la tuant. Sherlock est indemne et reste aux côtés de Mary jusqu’à ce qu’elle guérisse, l’emmenant chez lui pour une convalescence.