« Dark Phoenix » dure un peu moins de 2 heures, mais pas parce que l’histoire est bien écrite. C’est plutôt un méli-mélo de brouillons différents, coupés à l’os et dépourvus de rythme. Il y a notamment le troisième acte et les antagonistes du film.
Les méchants de « Dark Phoenix », au moins pendant la photographie principale et avant les reprises, étaient les Skrulls. Le film devait se terminer avec les X-Men combattant les Skrulls devant les Nations Unies à New York. Cela a été changé en raison de similitudes avec un autre film de super-héros, presque certainement « Captain Marvel », également sorti en 2019 et mettant en vedette Skrulls. Le réalisateur Simon Kinberg a également estimé que la fin ressemblait trop à « Captain America : Civil War ». Le troisième acte a été re-tourné au combat dans un train avec les X-Men essayant d’empêcher les extraterrestres d’atteindre l’inconscient Jean Gray (Sophie Turner).
Ces extraterrestres ont également été révisés de Skrulls au D’Bari – dans la bande dessinée « Dark Phoenix Saga », Jean détruit leur planète. Pourtant, ce sont des Skrulls sauf le nom, avec des pouvoirs de métamorphose. Leur chef, joué par Jessica Chastain, est la plus grande victime de la direction incertaine du film – selon les rumeurs, son personnage serait tout le monde, de Lilandra (impératrice de l’extraterrestre Shi’ar et amante du professeur X), à Skrull Queen Veranke, à Emma Frost , mais à la fin était Vuk, qui « obscur » ne commence même pas à couvrir. Chastain a même admis qu’elle ne connaissait pas le nom de son personnage pendant le tournage.