The River Between raconte l’histoire d’un village africain et de sa quête pour survivre à un afflux d’influences extérieures. L’histoire s’ouvre sur une description de la tradition décrivant la zone de deux crêtes, Kameno et Makuyu, et la rivière, Honia, qui coule entre elles. La rivière est forte, même pendant les saisons sèches, et son nom signifie « remède ». Les légendes d’un magicien, d’un voyant et d’un guerrier sont enracinées chez les enfants des tribus qui y vivent et ceux qui y vivent sont en grande partie épargnés par l’extérieur.
Waiyaki est un jeune homme spécial de l’enfance. Lorsqu’il rencontre deux jeunes garçons qui se battent, il parvient à mettre un terme au combat bien qu’il soit le plus jeune des trois. Ces trois garçons, Waiyaki, Kamau et Kinuthia sont tous destinés à étudier à l’école de la Mission Sierana et deviendront tous enseignants. Avant que Waiyaki ne soit envoyé à l’école par son père, Chege, son père et son fils se promènent dans un bosquet sacré où Chege révèle le fait que Waiyaki est destiné à devenir le sauveur de leur peuple. Waiyaki est sceptique quant à sa capacité à être cette personne, mais il avance vers un rôle important dans le développement de son peuple. Cependant, un autre membre de la tribu qui connaît également la légende d’un sauveur est Kabonyi. Kabonyi est jaloux du succès de Waiyaki auprès du peuple et veut cette position respectée pour lui-même ou pour son propre fils, Kamau.
Pendant ce temps, un homme nommé Joshua en est venu à croire que le christianisme est la vérité plutôt que la tradition traditionnelle de la tribu et commence à rassembler un petit groupe d’adeptes, bien que le christianisme soit méprisé par la majorité de la tribu. Puis l’une des filles de Joshua, Muthoni, s’enfuit de chez elle parce que son père refuse de lui permettre d’être circoncise – un rituel important de la tribu. Muthoni meurt des suites de la maladie, et sa mort crée une plus grande division entre ceux qui croient au christianisme et ceux qui croient que les voies de l’homme blanc sont mauvaises et choisissent de suivre la tradition de la tribu.
Waiyaki en vient à croire que l’éducation est la clé de la survie de son peuple et se dirige vers cette fin, en créant des écoles et en devenant un enseignant respecté au sein de la tribu. Pendant ce temps, Waiyaki et Nyambura tombent amoureux, bien qu’ils restent séparés parce que Josué ne permettrait jamais à Nyambura d’épouser un païen. La jalousie du fait que Waiyaki soit si aimé du peuple et qu’il détient le cœur de Nyambura incite Kamau à commencer à répandre des rumeurs et Waiyaki est bientôt accusé d’avoir vendu la tribu aux voies de l’homme blanc. Alors que l’histoire touche à sa fin, Waiyaki se rend compte que l’unité de la tribu – et non l’éducation – est la clé de la survie, et jure d’encourager la tribu dans cette direction, mais lorsqu’il est amené devant les membres de la tribu, il ne peut pas retenir son attention contre ceux qui parlent contre lui.