La reine de Palmyre raconte l’histoire de la majorité de Florence Forrest, dix ans, dans le Mississippi des années 1960, au milieu de la ségrégation, du racisme et de sombres secrets de famille qui menacent sa définition du bien et du mal.
Le roman s’ouvre au cours de l’été turbulent de 1963 à Millwood, Mississippi. Florence Forrest a dix ans et est fière que son papa lui confie le soin d’aller chercher « sa boîte » dès que le téléphone sonne. Florence ne sait pas encore ce qu’il y a dans la boîte, mais elle sait que c’est important. Lorsqu’elle n’aide pas papa avec la boîte, Florence aide parfois maman à préparer les gâteaux en cuisine, ou la servante de sa grand-mère, Zénie, à coudre et à repasser. Sa famille ayant beaucoup déménagé, Florence n’a pas d’amis de son âge et a au moins un an de retard scolaire. Durant les premières semaines de l’été, Florence commence à remarquer d’étranges événements dans sa maison. Elle remarque que sa mère boit davantage et que son père passe plus de nuits hors de la maison. Il existe une tension évidente entre ses parents, mais Florence ne comprend pas encore que c’est parce qu’ils ont des points de vue profondément différents sur la manière dont les Afro-Américains devraient être traités. Son père, le Nighthawk du KKK, fait tout ce qu’il peut pour chasser les noirs de son quartier, tandis que sa mère, partisane de l’intégration, fait tout ce qu’elle peut pour avertir ses voisins des projets d’attaque du Klan.
Quelques semaines après le début de l’été, Eva, la nièce de Zenie, arrive en ville dans l’espoir de vendre des polices d’assurance-vie aux Afro-Américains de Millwood. Cela ne la dérange pas que le père de Florence soit le principal vendeur d’assurances de la ville et espère attirer ses clients noirs vers ses services. Même si le père de Florence est un horrible raciste, il permet toujours à Florence de passer du temps dans le quartier noir, Shake Rag, pendant qu’il est au travail. Là-bas, Florence tombe amoureuse de ces gens uniques et aimants et, à plusieurs reprises, souhaite faire partie de leur famille plutôt que de la sienne. À mesure que l’été passe, la vie à la maison devient de plus en plus turbulente alors que la mère de Florence commence à boire beaucoup, atténuant la douleur causée par les comportements abusifs et violents de son mari. De nombreuses nuits, personne ne prend la peine de nourrir ou de donner un bain à Florence, qui s’élève essentiellement seule avec l’aide occasionnelle de Zenie. Un après-midi, Zénie et Florence font une horrible découverte : Eva a été agressée dans le cimetière près de chez eux et quelqu’un lui a marqué le visage avec un mégot de cigarette. Plutôt que de rentrer chez elle à Raleigh comme de nombreux résidents de Shake Rag encouragent Eva à le faire, elle reste à Millwood pour aider à lutter pour les droits civiques. Cette attaque constitue un tournant dans la vie de Florence. Pour la première fois, quelqu’un qu’elle aime est touché par le racisme, mais Florence ne sait pas encore que son père est le coupable. À la suite de l’attaque d’Eva, maman sombre de plus en plus dans sa dépression et son alcoolisme, et finit par conduire sa voiture contre le côté d’un train venant en sens inverse. Miraculeusement, elle survit mais est envoyée dans un asile de fous pour une thérapie de choc.
L’été se poursuit et Florence en apprend davantage sur le KKK. Lorsqu’elle allume accidentellement un incendie dans sa maison en essayant de préparer des gâteaux pour l’entreprise de maman, papa marque les poignets de Florence avec sa lumière de cigarette pour lui donner une leçon. Maman revient pour quelques jours mais s’enfuit à nouveau, laissant Florence derrière elle. À la fin de l’été, Florence a beaucoup mûri. Elle réalise maintenant que le comportement raciste de papa n’est pas normal, que toutes les familles n’agissent pas de cette façon et que maman est une femme perturbée qui a échoué en tant que mère. Toutes ces réalisations arrivent à un point d’ébullition lorsque Florence est témoin involontairement du meurtre d’Eva par papa. À l’époque, Florence n’est pas sûre de ce qu’elle a vu, mais en tant qu’adulte, toutes les pièces s’assemblent dans son esprit. Après le meurtre, papa menace de tuer Florence si jamais elle révèle la vérité. Avec cette goutte d’eau qui fait déborder le vase, Florence s’enfuit de la maison de son enfance et se rend à la Nouvelle-Orléans avec Mimi. Florence passe le reste de sa vie en Louisiane avec Mimi et Mama, lorsqu’elle revient enfin. Avant que l’ouragan Katrina ne frappe, Florence réalise qu’elle a vu papa tuer Eva, et elle trouve enfin le courage de lui en parler. Avant que l’ouragan ne frappe, Florence monte dans sa voiture et se dirige vers la tempête, sachant que papa est destiné à mourir dans l’inondation. Elle compte sacrifier sa vie à la tempête mais au dernier moment, elle tire son volant vers la gauche, pour se mettre en sécurité.