Rule of Bone est une histoire de passage à l’âge adulte, qui se déroule en partie dans le désert d’adolescents du nord de New York et en partie dans le paradis ensoleillé et miteux de la Jamaïque. Chappie est un jeune inadapté de treize ans avec une dépendance naissante à la drogue, vivant avec sa mère et son beau-père violent Ken à Au Sable, une petite ville du nord de l’État de New York. La fuite de Chappie de son foyer violent est une histoire de délinquance, de crime, d’amitié et de chagrin.
Pour soutenir sa dépendance croissante à la marijuana, Chappie, 13 ans, commence à mettre en gage des objets provenant de la maison de sa mère et de son beau-père. Après avoir mis en gage une collection de pièces rares offertes à sa mère par sa grand-mère, Chappie est expulsé de la maison. Il trouve une maison chaotique dans l’appartement de son ami Russ, un fugitif de seize ans qui travaille dans un club vidéo dans le même immeuble. Russ sous-loue l’appartement à un gang de motards appelé Adirondack Iron. Les motards commencent à vendre des appareils électroniques volés, mais empêchent les garçons de prendre leur part. Russ commence à voler des appareils électroniques aux motards en petites quantités, mais est découvert par le chef des motards, Bruce. Chappie et Russ s’échappent des motards, déclenchant ainsi un incendie qui brûle le bâtiment et tue Bruce, qui a couru vers le feu pour tenter de sauver Chappie.
Chappie et Russ sont désormais présumés morts par leurs parents et le reste d’Au Sable. Chappie se fait tatouer deux os croisés et prend le nouveau nom de Bone. Les garçons s’introduisent par effraction dans une maison d’été vide à proximité de Keene et vivent plusieurs mois, avant que le désordre, l’ennui et le manque de divertissement ne les obligent à se séparer. Russ retourne à Au Sable, mais Chappie se rend à Plattsburgh, sauve une jeune fille des griffes d’un producteur de porno minable, et ensemble, ils commencent à vivre dans un bus scolaire abandonné avec un rastafari jamaïcain plus âgé nommé I-man. I-man enseigne à Chappie et Rose, la jeune fille, le végétarisme et la gratitude. Chappie met Rose dans un bus pour Milwaukee pour retrouver sa mère Nancy, dit au revoir à I-man et retourne à Au Sable pour tenter de se réconcilier avec sa mère et Ken.
Le retour de Chappie à Au Sable est une débâcle. Ken et sa mère se sont séparés, et son beau-père boit beaucoup et a saccagé la maison. La mère de Chappie attribue leur séparation à la délinquance de Chappie. Chappie est incapable de dire à sa mère ou à sa grand-mère que Ken l’a agressé sexuellement. Il exige que sa mère choisisse entre lui et Ken. Sa mère dit à Chappie qu’elle se réconciliera avec Ken, et Chappie quitte Au Sable.
Chappie retourne à Plattsburgh et au bus scolaire d’I-man. Les deux décident de voyager ensemble dans la Jamaïque natale d’I-man. Une fois sur place, Chappie retrouve son père biologique, un toxicomane qui pratique la médecine pour le gouvernement. I-man initie Chappie à la virilité rastafarienne. Après un trafic de drogue bâclé, I-man est tué et Chappie commence à mendier à Montego Bay. Pour aggraver son chagrin, il apprend que sœur Rose est décédée d’une pneumonie peu de temps après son retour à Milwaukee.
Chappie s’installe paisiblement avec son père délinquant et assassin de I-man avant de partir pour commencer sa nouvelle vie accompagné du souvenir éternel de ses amis.