Pendant la Seconde Guerre mondiale, le jeune Mahito Maki (Soma Santoki) subit une tragédie familiale déchirante et doit immédiatement déménager à la campagne, où son père (Takuya Kimura) travaille pour une famille qui fabrique des avions pour l’armée japonaise, comme l’a fait le propre père de Miyazaki.
Isolé, Mahito commence à explorer les paysages mystérieux et rencontre un héron cendré, persistant dans sa présence. Le garçon tombe également sur une tour abandonnée. Curieux, il entre. De là, Le garçon et le héron se transforme en une fantasmagorie merveilleuse et souvent surprenante.