Le Surprise, un navire de guerre britannique, est nominalement commandé par Tom Pullings, mais en réalité commandé par Jack Aubrey. La mission secrète du navire est de transporter Stephen Maturin, un agent secret des services secrets de la marine britannique, au Pérou où il utilisera l’argent britannique et ses contacts locaux pour fomenter une rébellion contre la domination espagnole en faveur de l’autonomie locale. La mission doit rester très secrète car l’Espagne est un allié théorique de la Grande-Bretagne. Le Surprise traverse l’océan Pacifique, remporte quelques prix et vit des aventures passionnantes, avant de débarquer Maturin au Pérou. L’un des navires capturés par le Surprise contient un Français nommé Dutourd. Dutourd est un défenseur des droits civiques et de l’égalité et ses idées radicales de société libre sont très attrayantes pour certains membres de l’équipage du Surprise.
Tandis que Surprise se rééquipe au port, Maturin commence sa mission d’intrigue. Pendant ce temps, Nathaniel Martin, un ami de longue date, quitte Surprise pour cause de maladie. Pour Maturin, tout se passe bien au début et les conditions locales semblent parfaites pour un soulèvement. Mais Dutourd est ensuite amené clandestinement à terre et commence à décrier Maturin en le traitant d’agent britannique. Aubrey, craignant pour la sécurité de Maturin, tente de débarquer sur un bateau ouvert, passant malheureusement plusieurs jours à lutter pour sa survie dans un mauvais temps. Pendant ce temps, Dutourd n’est pas très efficace mais il est assez loquace. Il finit par être arrêté comme hérétique par l’Inquisition espagnole, mais sa présence à terre est suffisamment déstabilisante pour que les plans soigneusement élaborés de Maturin échouent. En quelques jours, il est devenu un fugitif et Surprise n’est plus le bienvenu.
Avec l’aide de Sam Panda, fils illégitime d’Aubrey et prêtre local, un rendez-vous est organisé et Surprise s’en va tandis que Maturin voyage par voie terrestre. Maturin est accompagné d’Eduardo, un guide local aux grandes connaissances biologiques. Maturin fait le voyage avec difficulté, l’altitude et le froid sont révélateurs et il perd quelques orteils à cause des engelures. Cependant, il trouve le voyage à travers les hautes Andes enrichissant car il observe de nombreux nouveaux types de vie animale et végétale. Maturin est finalement réuni avec Surprise et le long voyage de retour commence. Surprise rencontre deux navires américains dans un temps violent, un brouillard épais et de nombreux icebergs près de la pointe de l’Amérique du Sud. Une bagarre s’ensuit et Surprise s’échappe seulement plus tard pour être frappé par la foudre. Presque complètement handicapé, Surprise entame le pénible voyage vers l’Afrique mais est heureusement secouru par un navire de guerre britannique de passage qui lui apporte assistance et ravitaillement.