Tôt le matin du 16 août, un homme de 41 ans de la municipalité de Chongqing, dans le centre-ouest de la Chine, s’est levé et est allé faire du jogging le long d’un lac dans un parc extérieur local – quelque chose qui aurait dû être agréable, sinon banal. , sortie. Mais ce qui s’est réellement passé au cours de cette balade de 35 minutes a maintenant déclenché une alarme et un débat internationaux, certains scientifiques doutant du récit surprenant de la Chine.
Selon le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, l’homme non masqué a infecté 33 visiteurs non masqués du parc et deux employés non masqués du parc avec la sous-variante BA.2.76 du coronavirus omicron au cours de sa courte course. L’agence a affirmé que la transmission s’était produite lors de rencontres extérieures éphémères alors qu’il passait devant des gens sur un sentier de quatre mètres de large. Beaucoup d’autres ont été infectés sans aucune rencontre rapprochée. Vingt des 33 amateurs de parc infectés ont été infectés en visitant simplement les zones extérieures du parc que le jogger avait précédemment traversées, y compris une porte d’entrée. Les deux travailleurs infectés, quant à eux, ont rapidement transmis l’infection à quatre autres collègues, portant à 39 le nombre total d’épidémies dans le parc du jogger.
Pour étayer ces conclusions inhabituelles, le CCDC a cité des entretiens de cas, des images de surveillance du parc et des données génétiques sur le SRAS-CoV-2, qui auraient lié les cas mais sont notamment absentes du rapport.
Les affirmations du rapport, si elles sont exactes, suggéreraient qu’une mise à jour importante est nécessaire pour notre compréhension actuelle des risques de transmission du SRAS-CoV-2. Bien que la transmission à l’extérieur soit connue pour être possible, elle est considérée comme beaucoup moins probable que la transmission à l’intérieur, où les particules virales peuvent pendre dans l’air stagnant et s’accumuler dans des espaces clos au fil du temps. Les rencontres transitoires à l’extérieur ne sont particulièrement pas considérées comme un risque important, car de vastes volumes d’air en mouvement dispersent rapidement des doses infectieuses de particules virales. Pour la même raison, on ne pense pas que le SRAS-CoV-2 s’attarde dans les nuages menaçants à l’extérieur dans le sillage d’une personne infectée.
Pour l’instant, les experts hors de Chine ne révisent pas leur réflexion sur les risques de transmission, citant les données génétiques manquantes du rapport et d’autres conclusions discutables.
Données manquantes
Compte tenu de la stratégie stricte « zéro COVID » de la Chine, le CCDC a catégoriquement rejeté la possibilité que les infections fassent partie d’une épidémie non détectée dans la grande communauté, qualifiant l’exposition au jogger (alias « patient zéro ») de « seule exposition possible ».
Le CCDC affirme que les données génétiques relient tous les cas ensemble, montrant que le patient zéro était la source des 39 infections. Plus précisément, le CCDC rapporte que 29 des 39 cas avaient « exactement le même séquençage génétique que le patient zéro ; 5 cas avaient un site de mutation ajouté à la séquence génétique du patient zéro ; et les 5 autres cas n’ont pas pu être séquencés en raison d’échantillons non qualifiés ». Mais il n’y a pas de données de séquençage incluses dans le rapport, et on ne sait pas quel séquençage a été réellement effectué pour étayer ses affirmations.
« S’ils disposaient de données de séquence montrant que 29 cas avaient des génomes identiques au » patient zéro « , cela suggérerait que tous les cas provenaient d’une seule source », a déclaré la virologue Angela Rasmussen à Ars. Rasmussen est chercheur à la Vaccine and Infectious Disease Organization de l’Université de la Saskatchewan et affilié au Georgetown University Center for Global Health Science and Security.
« Mais », a-t-elle dit, « on ne sait pas s’ils ont fait le séquençage complet du génome de tous les cas, quelle plate-forme de séquençage ils ont utilisée (Illumina contre Nanopore), etc. » Le rapport ne mentionne que le « séquençage des gènes », ce qui peut suggérer uniquement un séquençage partiel du génome, et non un « séquençage du génome entier » qui indiquerait certainement un lien direct entre les cas. Sans connaître les données et les méthodes de séquençage, il est impossible de confirmer si le jogger était la source.
Le CCDC propose également une explication déroutante de la façon dont le patient zéro du jogging a été infecté en premier lieu.
Patient zéro
Selon le CCDC, l’homme a été infecté à la suite d’une vague « exposition à des environnements de compagnies aériennes contaminés ». L’homme avait fait un voyage de Chongqing à la ville septentrionale de Hohhot le 11 août et était revenu à Chongqing le 13 août, trois jours avant son jogging. Aucun des deux vols n’avait à bord de cas connus de SRAS-CoV-2 qui pourraient expliquer l’infection de l’homme. Mais, l’avion qu’il a pris pour le voyage de retour avait transporté quatre passagers positifs au SRAS-CoV-2 la veille, le 12 août.
Le 12 août, quatre passagers du Tibet ont pris l’avion de Chongqing à Hohhot et ont ensuite été testés positifs à Hohhot. L’avion, quant à lui, n’a pas été désinfecté après leur vol, et l’homme de Chongqing est monté à bord le lendemain et s’est assis (au siège 33K) près de l’endroit où trois des passagers infectés étaient assis (sièges 34A, 34C, 34H). On ne sait pas comment l’homme aurait pu être infecté de cette façon – le SRAS-CoV-2 n’est pas connu pour persister dans l’air pendant de si longues périodes, et la transmission à partir de surfaces contaminées est rare. De plus, le rapport n’indique pas que d’autres passagers du vol aient également été infectés, y compris des personnes qui étaient en fait assises dans les mêmes sièges que les passagers du Tibet. Mais le patient zéro était infecté par BA.2.76, qui circulait au Tibet, ce qui a conduit le CCDC à conclure une connexion.
« Je pense qu’il est également très douteux que le » patient zéro « ait été infecté dans cet avion », a déclaré Rasmussen. « J’ai remarqué que le vol précédent avec les passagers qui étaient censés être la source de l’infection venait de Chongqing – cela pourrait suggérer une propagation cryptique de BA.2.76 à Chongqing, pas (seulement) au Tibet comme le prétend le journal. Dans ce cas, si un tout un tas de personnes à Chongqing ont BA.2.76, les données de séquençage pourraient simplement indiquer une épidémie beaucoup plus importante à Chongqing, mais vous auriez besoin des données de séquençage réelles pour vraiment comprendre ce qui se passe.
« En bout de ligne: toute affirmation sur ce que les données montrent réellement dépend de l’inclusion réelle des données dans le document », a-t-elle déclaré. « Sinon, ce ne sont que des spéculations. »