Embrasse les filles est une histoire mystérieuse/thriller d’enlèvements et de meurtres obsessionnels. Casanova, un tueur en série et kidnappeur, a tué plusieurs femmes dans les environs de l’Université de Caroline du Nord. En plus des filles qui ont été tuées, plusieurs autres sont portées disparues. Parmi les filles disparues se trouve la nièce du célèbre détective Alex Cross. Cross, grâce à ses relations au FBI, est autorisé à travailler sur l’affaire. Le tueur semble avoir un goût pour les femmes extrêmement belles et est connu pour ses crimes presque parfaits.
Casanova traque sa proie avec beaucoup de soin et d’attention aux détails. Sa victime la plus récente est le Dr Kate McTiernan, avec qui Casanova est devenue obsédée en raison de son apparence époustouflante et de sa grande intelligence. Il la retient captive, avec plusieurs de ses autres victimes, dans une cachette souterraine dans les bois. Casanova est secret, portant toujours un masque lorsqu’il rencontre ses filles. Craignant la mort pour avoir enfreint les règles de la maison, Kate se libère et retourne à la civilisation. Kate raconte le phénomène étrange que la maison du tueur a disparu après sa sortie. Kate et Cross se rencontrent et deviennent rapidement amis.
Les enquêteurs apprennent un lien entre Casanova et un tueur en série californien se faisant appeler le Gentleman Caller. Ils semblent partager des informations. L’appelant a un goût similaire pour les belles femmes. Cependant, il les assassine carrément, conservant souvent des morceaux de leur anatomie. L’appelant est beaucoup plus effronté que Casanova, communiquant régulièrement avec les médias et les narguant. Une pause dans l’affaire Caller conduit Cross et Kate à se rendre à Los Angeles pour aider à sa capture. Les autorités sont sur le point de l’attraper quand il fait une évasion effrontée. Ils apprennent cependant son identité: il s’agit du Dr William Rudolph, un chirurgien plasticien accompli et diplômé de la faculté de médecine de Duke. Une photographie retrouvée dans son appartement semble révéler l’identité de Casanova.
De retour en Caroline du Nord, l’enquête se concentre sur le Dr Wick Sachs, un professeur qui aime la pornographie étrange et sérieuse. Sachs est arrêté après qu’un pourboire ait conduit la police à des preuves des femmes assassinées et kidnappées dans sa maison. Peu de temps après l’arrestation de Sachs, Kate est sévèrement battue et laissée pour morte par Casanova et Rudolph. Cela confirme les soupçons de Cross selon lesquels Sachs n’est pas Casanova.
Cross et son collègue ami détective de DC, John Sampson, poursuivent l’enquête. Cross a l’intuition que la maison en voie de disparition où Casanova garde les filles pourrait être une ancienne structure souterraine construite à l’époque de l’esclavage comme une «gare» sur le chemin de fer clandestin. Un professeur d’histoire locale prépare des cartes de toutes ces structures souterraines dans la région. En cherchant dans les bois locaux, Cross et Sampson trouvent l’habitation souterraine et trouvent les filles captives. Casanova et Rudolph, déguisés en masques, tendent une embuscade à Cross et Sampson alors qu’ils s’approchent de l’habitation. . Cross les poursuit et blesse mortellement Rudolph, mais Casanova s’en tire.
Le FBI est convaincu que Casanova ne sera jamais attrapé car il est trop bon. Cross, cependant, poursuit obstinément sa poursuite. Il développe une théorie selon laquelle Casanova est en fait un policier en raison de sa capacité à commettre le crime «parfait» et du fait qu’il a tiré avec une arme à feu en s’accroupissant professionnellement. Cross poursuit le détective Davey Sikes du département de police de Durham, mais apprend qu’il n’est pas le tueur.
Cross quitte l’affaire et rentre chez lui pour quelques mois. À la demande de son contact au FBI, lui et Kate prennent des vacances à la fin de l’été dans les Outer Banks dans l’espoir de tendre un piège à Casanova. Leur plan fonctionne : les attaques de Casanova. Kate et Cross font équipe pour le tuer et son identité est enfin révélée : il s’agit du détective Nick Ruskin du département de police de Durham.