Le journal de Zlata est une collection d’entrées réimprimées du journal de Zlata Filipovic, un enfant qui a écrit pendant la guerre de Bosnie de 1991 à 1993. Ils offrent le point de vue d’un enfant innocent sur les horreurs de la guerre.
Les entrées initiales (avant la guerre) présentent une préadolescente normale qui aime passer du temps avec ses amis, prendre des cours de piano, passer des vacances et bien réussir à l’école.
Le premier signe de guerre survient lorsque le père de Zlata est recruté dans les réserves de la police et que la violence éclate dans la région voisine de Dubrovnik. La famille s’inquiète pour un ami de la famille, Srdjan, qui vit dans cette région. Zlata ne comprend pas les raisons de ce conflit, mais est persuadée qu’une guerre dans son propre pays, la Bosnie-Herzégovine, serait « impossible ».
Mais en mars 1992, la violence éclate bel et bien dans sa ville de Sarajevo alors que les nationalistes serbes attaquent. Les coups de feu depuis les collines et les bombardements seront une réalité quasi constante à partir de maintenant. La famille de Zlata doit souvent se cacher dans la cave d’un voisin pour se protéger des éclats d’obus et des balles. Les nationalistes conquièrent une partie de la ville, et beaucoup sont tués et blessés.
Le 2 mai, le bureau de poste local est incendié et le président du pays est kidnappé au cours de la pire journée de combats à ce jour. Beaucoup fuient, dont la plupart des amis de Zlata. L’oncle de Zlata, Braco, est blessé dans un accident et doit passer plusieurs mois au lit. L’eau et l’électricité entrent et sortent, et la nourriture devient plus difficile à trouver. La famille doit généralement cuisiner avec un vieux poêle à bois. Les Nations Unies s’impliquent pendant cette période et la famille en vient à compter sur des colis de soins pour la nourriture et d’autres produits essentiels.
La communauté s’en sort du mieux qu’elle peut. Les anniversaires sont célébrés avec de grands rassemblements et toute la nourriture peut être trouvée, et une école d’été temporaire est établie à laquelle Zlata assiste. C’est par l’intermédiaire d’une amie et de son professeur d’école d’été, Irena, que Zlata a l’opportunité de faire publier les entrées de son journal par l’organisation humanitaire UNICEF.
Grâce à son travail, la mère de Zlata a une chance de fuir le pays avec Zlata, mais la bureaucratie gâche cette opportunité. Pendant ce temps, de nombreux amis de Zlata ou amis de la famille, dont un jeune homme nommé Nedo que Zlata affectionne beaucoup, s’échappent dans divers convois. Heureusement, Zlata peut passer beaucoup de temps avec l’une de ses meilleures amies, Mirna.
Le 17 juillet 1993, Zlata assiste à une promotion pour le livre réalisé à partir de son journal. Elle devient une célébrité internationale, et par la suite est continuellement interviewée par des journalistes du monde entier.
À la mi-septembre 1993, on parle d’un accord de paix conditionnel, mais à la mi-octobre, des coups de feu éclatent toujours des collines entourant la ville. La dernière entrée de Zlata pose une question simple sur la guerre : pourquoi ?