Jonathan Livingston Seagull s’intéresse aux efforts d’une jeune mouette pour s’élever au-dessus de l’ordinaire. Dans un troupeau où l’individualité est mal vue, Jonathan se retrouve solitaire et paria.
Après avoir accompli des exploits d’un courage et d’une habileté formidables, Jonathan est expulsé du troupeau. Cela lui donne la liberté de développer ses compétences et, ce faisant, il atteint un niveau supérieur de réussite, une sorte de paradis. Les leçons que Jonathan apprend au cours de ses voyages reflètent à la fois une plus grande tranquillité d’esprit et une liberté d’être lui-même. Jonathan continue le cycle, en retournant dans le troupeau et en enseignant à ses membres ambitieux les leçons qu’il a apprises de Sullivan Seagull et de Chiang, the Elder Gull.