Le roman, Indian Captive, commence lorsque Mary Jemison est faite prisonnière en attaquant des guerriers de la tribu Seneca des Indiens Iroquois. Elle est forcée de vivre avec le peuple Sénèque. La coutume de leur tribu dit qu’en cas de décès d’un membre de la tribu aux mains d’un ennemi, la tribu doit capturer un remplaçant de la communauté ennemie qui vivra avec le peuple Sénèque comme l’un des leurs.
Mary Jemison, appelée par son surnom Molly, est une jeune fille de 12 ans dans ce roman. Elle vit à Marsh Creek Hollow, en Pennsylvanie, avec ses parents, Thomas et Jane, ainsi que ses frères aînés, John et Tom, sa sœur aînée, Betsy, et ses deux jeunes frères, Matthew et Robert. Juste avant qu’il soit temps de semer le maïs pour l’année, la famille Jemison et quelques voisins proches sont attaqués par des Indiens. Bien que John et Tom s’échappent, les voisins et le reste de sa famille sont capturés par les guerriers Seneca. Parce qu’il y a trop de gens à garder comme prisonniers et à fuir facilement la tentative de sauvetage de la communauté pionnière, seuls Molly et le garçon voisin, Davy Wheelock, sont en fait capturés. À son insu jusqu’à plus tard dans sa vie, le reste de sa famille est tué et leur maison est incendiée.
L’histoire décrit d’abord le voyage effrayant et difficile que Molly entreprend avec ses ravisseurs. En raison du mauvais temps et des exigences physiques des voyages rapides, Molly n’aurait peut-être pas survécu sans l’aide d’un vieil Indien nommé Shagbark qui l’a gardée en sécurité et l’a parfois portée pendant le voyage. En chemin, ils sont rejoints par un autre groupe de guerriers qui amènent également un captif, un jeune homme nommé Nicholas Porter, qui a été emmené de Piney Mountain, non loin de la maison de Molly à March Creek Hollow. Sa première étape majeure de ce voyage est à Fort Duquesne où les Français et les indigènes sont mis en place pour combattre les Anglais pour la terre et où les captifs doivent être échangés dans un marché. Les deux hommes captifs, Davy et Nicholas, sont remis aux Français, tandis que Molly est emmenée par deux Indiennes qui la conduisent à un canot. Ils lui donnent des vêtements propres et l’emmènent chez eux, Seneca Town. Là, elle est adoptée dans la tribu en remplacement du fils décédé d’une des familles.
À Seneca Town, Molly apprend que les deux femmes qui l’ont amenée là-bas seront ses nouvelles sœurs, Squirrel Woman et Shining Star. Le nom de sa nouvelle mère est Red Bird et son père est Swift Water. Elle a du mal à s’adapter à leur mode de vie. Elle n’aime pas leur nourriture qui est des gâteaux de corn-pone bouillis, pas rôtis. Leur nourriture est fade et sans sel. Elle ne comprend pas leur langue et ils ne parlent pas anglais. En fait, la sœur grincheuse, Squirrel Woman, se met en colère à chaque fois que Molly parle anglais. On lui montre des corvées à faire, mais refuse de travailler comme ils le souhaitent. Un jeune garçon indien, Little Turtle, a pitié de Molly et essaie de faire attention à elle et de lui montrer les ficelles du métier. Il essaie de lui apprendre leur langue. Entre Little Turtle et le simple fait d’écouter les ordres avec des mouvements de la main, Molly apprend finalement à parler leur langue.
La petite tortue est tellement émue par le chagrin de Molly d’être loin de sa famille qu’il demande au chef, le chef Standing Pine, s’il envisagerait de la libérer. Bien sûr, il dit non, mais Molly est heureuse d’apprendre que le vieil homme qui l’a aidée dans son voyage, Shagbark, est en fait le grand-père de Little Turtle et vit dans le village. Tout en essayant de réconforter ses difficultés physiques pendant le voyage, il essaie de la mettre à l’aise et de l’aider à s’installer dans sa nouvelle communauté. Little Turtle continue également d’être son amie et essaie de lui remonter le moral tout le temps.
Bien que Molly se voit confier une variété d’emplois tout au long de l’histoire, son plus grand devoir est de s’occuper du petit garçon de Shining Star, Blue Jay. Elle le porte de manière traditionnelle sur son dos. Quand elle est à un endroit où elle a besoin de travailler, elle le suspend à une branche d’arbre pour se balancer et se balancer dans la brise. Plusieurs fois, quand elle gâche le travail, Squirrel Woman se met en colère et la punit, et Molly s’enfuit pour pleurer. La culture du maïs est probablement l’une des tâches les plus importantes de la tribu. Lorsque Molly est châtiée, renverse la graine de maïs et s’enfuit pour l’après-midi, elle est envoyée au lit sans souper. Finalement, elle apprend que pour manger dans cette famille, il faut travailler pour cela.
Lorsque Molly fait un voyage de retour avec ses sœurs à Fort Duquesne pour échanger des marchandises et voir Good Hunter et Grey Wolf, leurs frères en visite, chez eux à Genesee Town près des Great Falling Waters, Molly se faufile loin de l’endroit où on lui dit de debout, afin qu’elle puisse voir si des pêchers fleurissent sur l’arbre. Elle est repérée par des Blancs anglophones qui l’emmènent dans leur immeuble, commencent à lui poser des questions et se sentent désolés pour elle. Quand ses sœurs voient cela, elles l’arrachent à ces gens avec Blue Jay toujours attaché à son dos. Bien sûr, Squirrel Woman est furieuse. Les sœurs savent que les Blancs essaieront d’emmener Molly, alors elles suivent toutes leurs frères jusqu’à leur maison où, finalement, toute la tribu se retrouve. Ce voyage est très dur pour Molly qui arrive dans la ville gravement malade. Elle est prise en charge par Earth Woman qui est connue parmi les Indiens Seneca pour ses compétences dans le traitement de toutes les formes de maladie. Lentement, elle retrouve la santé.
Earth Woman est bonne pour Molly à bien des égards. Elle vit seule et a beaucoup de temps à consacrer à Molly. Elle présente Molly à Beaver Girl, une enfant de l’âge de Molly à qui Earth Woman a appris à fabriquer des pots en argile traditionnels et qui veut se lier d’amitié avec Molly. Elle enseigne son dicton sage et beaucoup sur les traditions de leur culture. Molly est là quand une autre personne au visage blanc est amenée en ville, un jeune homme nommé Josiah Johnson. Il est renommé Running Deer après avoir passé le gant de la rivière au bâtiment à travers deux lignes de membres de la tribu jetant de la nourriture, le battant et même le coupant avec des couteaux et des tomahawks. Il est donné à Earth Woman pour remplacer son fils mort. Earth Woman et Molly sont toutes les deux heureuses avec lui, jusqu’à ce qu’il utilise son canoë pour s’échapper, pour ne plus jamais être revu.
Tout au long de son séjour à Genesee Town, Molly est bien traitée. Elle devient très proche de sa sœur, Shining Star, et de son bébé, Blue Jay, Little Turtle, Earth Woman et Beaver Girl. Elle devient également très amicale avec tous les enfants de la ville. Little Turtle gagne son nouveau nom viril de Turkey Feather après avoir prouvé qu’il était un chasseur capable. Il reste un ami fidèle et fidèle à Molly.
Deux fois, elle voit Old Fallenash, le commerçant blanc qui faisait du commerce avec son père. La première fois, il est là pour échanger des marchandises avec la tribu, et la deuxième fois, il est là pour dire à Molly qu’il a découvert ce qui est arrivé à sa famille, qu’il pense qu’elle est au meilleur endroit où elle peut être et qu’elle devrait décider de rester avec la tribu Seneca et d’être heureux.
Lorsque les Anglais en manteaux rouges viennent en premier pour demander au chef de Genesee Town, le chef Burning Sky, de l’aider à combattre les Français, le capitaine Morgan rencontre Molly et pense qu’elle devrait être avec des Blancs. Plus tard, lors de sa visite à nouveau, il demande à échanger de l’or contre la libération de Molly pour vivre avec lui dans la communauté blanche. Le chef laisse la décision à Molly. Il lui permettra de partir si elle le veut encore ou défendra son droit de rester si elle préfère. Bien que Molly ait eu envie de rentrer chez elle et ensuite simplement d’être avec des familles blanches, elle en est venue à aimer sa nouvelle famille, son nouveau mode de vie et tout ce qu’elle a appris. Sa décision est de rester avec le peuple Sénèque.