Honte commence et se termine dans une maison fantastique de la ville de Q., située à la frontière aride et isolée entre le Pakistan et l’Afghanistan. Surnommée Nishapur, demeure du grand poète persan Omar Khayyam, elle est habitée par trois sœurs qui élèvent pendant douze ans un fils, du nom du poète. Ils l’élèvent dans un strict isolement du monde, insufflant dans son esprit brillant un étrange sentiment de périphérie et d’inversion. En échange de l’autorisation d’aller à l’école, Omar a reçu l’ordre de ne jamais éprouver de honte (sharam en arabe). Il part faire des études de médecine et une brillante carrière d’immunologiste et la honte ne semble en effet avoir aucune part dans son caractère voyeuriste et misogyne.
Omar se lie d’amitié et débauche avec un riche playboy, Iskander (« Isky ») Harappa, qui épouse Rani Humayun, qui voit immédiatement Omar comme une menace. Isky et Rani ont une fille, Arjumand, surnommée la « Vierge Ironpants », pour sa détermination à surmonter son genre sexuellement et professionnellement. Le jour de ses 40 ans, Isky entend l’appel de l’Histoire et abandonne sa débauche pour se lancer en politique. Depuis des années, il est le rival de Raza Hyder, un héros militaire qui se fait appeler « Old Razor Guts ». Raza a épousé Bilquìs Kemal, une femme dont l’esprit est ébranlé par le suicide de son père idéaliste. Après une mortinatalité déchirante, ils donnent naissance à deux filles, Sufiya Zinobia (surnommée « Shame ») et Naveed (surnommée « Good News »).
L’aînée, retardée mentalement par la fièvre lorsqu’elle était enfant, porte en elle toute la honte insensible du monde, qui finit par s’incarner sous la forme d’une bête. La Bête lui fait décapiter un troupeau de dindes et elle tombe malade du fléau de la honte. Omar soigne son trouble immunologique et tombe amoureux d’elle. Lors du mariage de sa sœur, la Bête la fait à nouveau se déchaîner et elle mord le marié au cou. Omar l’épouse néanmoins discrètement, mais il lui est interdit d’avoir des relations sexuelles avec elle. Malgré ses limitations mentales, Sufiya Zinobia sait que les maris sont prêts à donner des bébés aux femmes et lorsque son Omar la met enceinte, la Bête prend à nouveau le relais et quatre jeunes hommes sont forcés d’avoir des relations sexuelles avec Sufiya Zinobia et se font arracher la tête.
Omar et Raza Hyder réalisent la vérité, droguent et emprisonnent Sufiya Zinobia, incapables de la tuer. Raza Hyder, qui a été nommé à la tête de l’armée par le Premier ministre Iskander Harappa, l’a renversé, a institué la loi islamique et a permis qu’Isky soit jugé, brutalement emprisonné et exécuté. Raza est lui-même renversé par un coup d’État militaire et s’enfuit avec Bilquìs et Omar, vers une prétendue sécurité dans Nishapur, une forteresse aux allures de forteresse, déguisé honteusement en burqas de femmes. Là, les trois mères d’Omar se réjouissent de retrouver entre leurs mains Raza, l’assassin de leur deuxième fils Babar. Après que les visiteurs aient enduré les délires sauvages du paludisme, les trois sœurs envoient Raza Hyder avec beaucoup de sang dans le monte-plats qu’elles avaient spécialement personnalisé pour leur servir de moyen de communication limité avec le monde extérieur. La Bête qui s’est emparée de Sufiya Zinobia traque Omar dans le lit où est mort son grand-père et après un dernier face-à-face, le décapite. La coquille de Sufiya Zinobia est rejetée, libérée et les conjoints protagonistes sont consumés dans un grand feu.