Héritier de l’Empire est finalement une histoire de bien contre le mal dans la galaxie. L’histoire dépeint la Nouvelle République encore à ses balbutiements, cinq ans après la défaite de l’Empire maléfique à la bataille d’Endor. Avec les héros de la rébellion à la tête du nouveau gouvernement, le nouveau gouvernement combat toujours les vestiges de l’Empire. Un grand amiral émerge des recoins de la galaxie pour semer le trouble et est déterminé à détruire complètement la rébellion.
C’est cinq ans après la défaite de l’Empire à la bataille d’Endor et alors que la Nouvelle République a repoussé l’Empire de ses jours de gloire précédents, il y a encore des forces maléfiques avec lesquelles se contenter. Le Grand Amiral Thrawn apparaît comme une menace pour la paix que la Nouvelle République s’efforce d’établir avec de nombreux systèmes stellaires de la galaxie. Il lance une attaque dans le système Obra-skai, alertant la Nouvelle République des ennuis. Dans sa quête pour vaincre la rébellion, il trouve un maître Jedi noir oublié depuis longtemps, Joruus C’boath, sur une planète lointaine. En guise de pot-de-vin pour convaincre C’boath de travailler avec l’Empire, Thrawn promet de remettre Luke Skywalker et sa sœur Leia Organa Solo.
Han Solo, en mission de contact représentant la Nouvelle République, recherche des contrebandiers pour les aider avec des cargos dont la Nouvelle République a cruellement besoin. En attendant, Leia Organa Solo, la femme de Han Solo, est occupée par la mission diplomatique de construire un nouveau gouvernement pour la Nouvelle République. Attendant des jumeaux, elle est en lambeaux avec les tâches qui lui sont confiées. Réunis pour une mission diplomatique sur la planète Bimmsaari, Leia, Han, le wookie Chewbacca et Luke Skywalker quittent Coruscant, la capitale de la Nouvelle République. Ils découvrent rapidement que quelqu’un poursuit Leia. Afin de la cacher, Chewbacca accepte de l’amener à Kashyyyk, la planète wookie.
Du côté de l’Empire, le Grand Amiral Thrawn et le Capitaine Pallaeon se rendent à Wayland pour fouiller dans l’entrepôt du défunt empereur. Là-bas, ils rencontrent le Jedi noir Joruus C’baoth. Ils le convainquent de les accompagner pour aider leur cause. En retour, ils promettent de lui livrer Luke et Leia pour en faire ce qu’il veut.
En quittant une mission de Dagobah, Luke est poursuivi par le Grand Amiral Thrawn et s’échappe de justesse. Un passeur, Mara Jade, sent sa présence et le récupère. Son patron Talon Karrde insiste pour le retenir comme prisonnier mais refuse de le remettre à l’Empire. Quelques jours plus tard, Han et Lando Calrissian se rendent à Mrykr pour visiter Karrde afin de discuter de la quête de la Nouvelle République pour recruter des contrebandiers pour leurs cargos. Là-bas, le Grand Amiral Thrawn fouine sur le territoire de Karrde et déclenche une série d’événements qui gagnent Karrde aux côtés de la Nouvelle République.
Luke est capable de s’échapper de sa prison avec l’aide inattendue de Mara Jade, qui est déterminée à le tuer. Après que Luke et Mara se soient échappés des forêts de Myrkr, Luke rattrape Han et Lando. Avant de rentrer chez eux à Coruscant, ils s’arrêtent aux chantiers navals de Sluis Van, qu’ils découvrent attaqués. Ils arrivent en pleine bataille et réussissent à contrecarrer la mission de Thrawn de voler les navires de la Nouvelle République. Sur le chemin du retour, Leia les alerte sur des problèmes domestiques entre deux membres du Conseil.