Rainbow Boys est l’histoire de trois adolescents gays qui luttent pour équilibrer leur véritable identité avec les attentes de la société qui les entoure.
Rainbow Boys est raconté du point de vue tournant de trois adolescents gays à différentes étapes de réalisation sexuelle. Nelson est sorti et fier. Tout le monde autour de lui, y compris ses parents et amis, sait qu’il est gay. Kyle, la star de l’équipe de natation de l’école, sait qu’il est gay mais n’a pas encore fait son coming-out à sa famille. Jason a une petite amie mais n’est pas satisfait. Il a l’impression qu’il cache quelque chose, même à lui-même. Au fur et à mesure que le roman progresse, Jason se rend compte qu’il est gay mais a trop peur pour l’admettre même à lui-même.
Le roman se concentre principalement sur la relation entre ces trois garçons. Nelson et Kyle sont les meilleurs amis, mais il est clair que Nelson est amoureux de Kyle. Kyle est amoureux de Jason, qui n’a même pas réalisé qu’il est gay. A l’ouverture du roman, Jason s’est convaincu d’assister à une réunion Rainbow Youth, une réunion pour adolescents gays. Il espère qu’assister à cette réunion le convaincra une fois pour toutes qu’il n’est en réalité pas gay. Il est terrifié à l’idée d’admettre qu’il fait des rêves romantiques impliquant d’autres hommes et que sa vie sexuelle avec sa petite amie commence à en souffrir. Lors de la réunion, il est horrifié de voir deux enfants de son lycée, Nelson et Kyle, et craint qu’ils ne l’évinceront.
Kyle est ravi de voir Jason à la réunion – il a toujours le béguin pour lui – mais Nelson est ennuyé. Au fur et à mesure que le roman progresse, Jason et Kyle nouent une amitié lorsque Jason a des difficultés en mathématiques, la meilleure matière de Kyle, et a besoin d’un tuteur. Après quelques-unes de ces réunions, alors que Jason se sent émotionnellement vulnérable après une dispute avec son père alcoolique, lui et Kyle s’embrassent. Le cœur de Jason s’ouvre presque en larmes. Il se rend compte qu’il est gay et qu’il tombe amoureux de Kyle. Puis la peur s’installe lorsqu’il réalise qu’il va devoir dire la vérité à sa famille et à sa petite amie. Contrairement à Kyle et Nelson, qui bénéficient d’un système de soutien solide, quoique réticent, le père de Jason est un alcoolique violent qui le reniera sûrement s’il connaît la vérité.
À mesure que la relation entre Kyle et Jason progresse, Nelson s’enfonce de plus en plus dans la dépression. Il est amoureux de Kyle, mais celui-ci ne le considère que comme un ami. Désespéré d’attention, Nelson perd sa virginité au profit d’un homme plus âgé qu’il rencontre en ligne. Sa tristesse se transforme en peur lorsqu’il réalise qu’ils n’ont pas utilisé de préservatif et qu’il pourrait avoir été infecté par le VIH. L’amitié des trois garçons grandit à mesure qu’ils se confient leurs secrets les plus profonds et les plus effrayants. Nelson se tourne vers Kyle pour obtenir de l’aide lorsqu’il décide de passer un test de dépistage du VIH, et Kyle se tourne vers Nelson pour obtenir de l’aide lorsqu’il se sent vulnérable à cause de sa relation avec Jason. Au fil du temps, à mesure que son amour pour Kyle grandit, Jason commence lui aussi à compter sur le soutien de ses amis lorsqu’il s’adresse à sa famille et à ses amis. Sa confiance est si forte qu’à la fin du roman, Jason assiste à la première réunion de son lycée pour promouvoir l’éducation sur l’homosexualité. C’est une étape énorme dans son développement personnel et il n’aurait jamais pu la franchir sans l’amour et le soutien de ses amis.