Enfants de Dieu reprend l’histoire d’Emilio Sandoz alors qu’il guérit de l’épreuve qu’il subit dans le premier roman de Mary Doria Russell, The Sparrow. Emilio est renvoyé sur la planète Rakhat, où il a été mutilé et violé en groupe, car cela sert les intérêts du Vatican et des jésuites. Sur Rakhat, il voit que la situation politique a changé et il agit pour conjurer l’extinction de l’espèce autrefois dominante et tyrannique.
Enfants de Dieu suit Emilio Sandoz, un linguiste et ancien prêtre jésuite, alors qu’il aide à former une deuxième mission sur la planète Rakhat, où il avait été mutilé et violé. Le Vatican et les jésuites le désirent et, lorsqu’il refuse, ils le kidnappent. Il laisse derrière lui une fiancée bien-aimée et sa fille et doit être sous sédation pendant une grande partie du long vol. Vers la fin du voyage, Emilio apparaît comme le chef du groupe, insistant pour qu’ils apprennent de lui tous les détails qui pourraient aider à assurer leur survie et à éviter une deuxième tragédie. La période de temps de ce brin est 2060-62 sur Terre et 2062-78 à bord du vaisseau spatial Giordano Bruno.
L’histoire de Sofia Mendes Quinn, la seule survivante de la mission des Stella Maris toujours sur Rakhat, est étroitement liée à cela. Elle ne sait rien des tourments d’Emilio ou de sa fuite chez elle (et il ne sait rien d’elle). L’histoire de Sofia s’étend de 2047 à 2078, lorsque Bruno arrive et que les deux volets de l’histoire se mélangent. Après avoir inspiré la population Runa à résister aux Jana’ata, qui les élèvent, les asservissent et les consomment, Sofia se cache dans la nature sauvage de Trucha Sai pendant près de quarante ans. Son fils autiste Isaac part à la recherche de paix et de musique et Sofia s’endurcit pour devenir un leader politique. Les Runa poussent les Jana’ata vers le nord et les amènent au point d’extinction. Au cours de cette période, une révolution se produit parmi les Jana’ata royales qui promet un État plus égalitaire. Les dirigeants des deux camps meurent tragiquement tous les deux au combat, laissant un vide de pouvoir comblé par la guerre civile et la famine. Certains refuges de la vallée du N’Jarr gèrent une vie paisible parmi les espèces.
La mission Bruno arrive, s’attendant à ce que le statu quo de quarante ans plus tôt s’applique, et est consternée que l’espèce musicale s’éteigne. Ils mettent en place un système de réservation pour les Jana’ata et une interdiction stricte de manger de la chair de Runa, espérant qu’avec le temps une société intégrée puisse évoluer. La plupart des jésuites restent sur Rakhat, mais Emilio revient sur Terre avec un musicien Jana’ata doué qui est prêt à partager le mystère de la musique de Dieu avec l’humanité. Emilio se retrouve enfin en paix avec tout ce qui lui est arrivé.