« En compagnie de la courtisane » est l’histoire de Fiammetta Bianchini, une courtisane romaine du XVIe siècle, racontée à travers les yeux de son fidèle compagnon, le nain Bucino. Le roman décrit les hauts et les bas de la fortune de Fiammetta et Bucino alors qu’ils quittent Rome pour Venise et s’installent dans une ville inconnue, avec peu d’amis et peu d’argent.
À partir de Rome, Bucino et Fiammetta doivent fuir, malgré les efforts complices de la courtisane pour faire la paix avec les factions religieuses envahissantes. Elle ramène le nain dans sa ville natale de Venise, où ils trouvent la maison de sa mère décédée. Convoquant un guérisseur pour ramener Fiammetta en pleine santé après le voyage éprouvant en bateau, Bucino est empêché par la femme, La Draga, son handicap et ses pouvoirs psychiques apparents. Bucino, quant à lui, commence à explorer la nouvelle ville et à l’utiliser à son avantage. Il observe les modèles de courtisanes proposées à l’intérieur et à l’extérieur d’une grande église. Il reconnaît un vieil écrivain de la connaissance de Fiammetta, Pietro Aretino. Le lecteur apprendra plus tard qu’il s’agit d’une vieille flamme de Fiammetta, détestée à Rome pour ses écrits politiques scandaleux.
Voulant recommencer leur activité, les observations de Bucino aident Fiammetta à comprendre comment fonctionnent les courtisanes professionnelles à Venise. Ils doivent déménager dans une partie plus centrale de la ville. Après que Fiammetta se soit rétablie, elle séduit un Turc dans la rue, mais n’a pas le temps de donner suite à l’affaire. Les choses commencent à s’améliorer pour Fiametta et Bucino, d’autant plus que La Draga suggère un traitement subtil pour remplacer les cheveux tondus de Fiammetta, lui permettant de se remettre au travail plus tôt. Pour payer les cosmétiques coûteux, Bucino va vendre un rubis – seulement pour constater que le vrai rubis a disparu et a été remplacé par une copie en verre astucieuse. Il blâme La Draga pour cela.
Fiammetta prend son premier client et vole son sac pendant qu’il dort. Elle a eu l’idée d’essayer de travailler à partir d’une gondole, une idée moins chère que de déménager au centre de la ville. Cependant, en essayant de vendre un livre de sonnets qu’ils possèdent, Bucino découvre qu’il est plein de poèmes et de dessins pornographiques, à la place – écrits par Aretino. Ils font chanter Aretino pour qu’il leur trouve leur premier vrai mécène, un marchand de savon qui aide Fiammetta à s’installer.
Quelques années après cette ascension vers la prospérité, des tensions sont apparues entre Fiammetta et Bucino. Cependant, lorsqu’il est poussé dans le canal lors d’une émeute, il tombe très malade et La Draga s’occupe de lui alors que Fiammetta lui pardonne. Plus tard, pour la remercier et aussi par curiosité, Bucino va voir La Draga chez elle, où il n’est jamais allé. Il découvre qu’elle n’est pas réellement handicapée, ni aveugle, mais qu’elle fait semblant tout le temps. Enragé, il trouve du matériel scientifique, dont un sac d’os, chez elle, et jette le sac d’os dans le canal avant de partir. Lorsque les os échouent plus tard sur le rivage, La Draga est jugée pour sorcellerie et reconnue coupable.
Bucino va la voir dans sa cellule et ils font amende honorable. Cependant, malgré toutes les relations élevées de Fiammetta, ils ne peuvent rien faire pour la sauver. Le guérisseur est exécuté pour sorcellerie. À la fin du livre, cependant, le nain et la courtisane se voient offrir l’occasion de faire amende honorable, car sa jeune fille, également appelée Fiammetta, vient à eux pour avoir besoin d’être secourue.