Des données génétiques relient le SRAS-CoV-2 aux chiens viverrins sur le marché chinois, selon les scientifiques

Agrandir / Un chien viverrin au zoo de Chapultpec à Mexico le 6 août 2015.

Des données génétiques récemment obtenues du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CDC chinois) relient le coronavirus pandémique SRAS-CoV-2 aux animaux – en particulier les chiens viverrins – au marché de gros de fruits de mer de Huanan à Wuhan, où les premiers cas de COVID-19 se sont concentrés , a déclaré un groupe de scientifiques indépendants à l’Organisation mondiale de la santé cette semaine.

Les données génétiques provenaient d’écouvillons environnementaux collectés sur le marché par le CDC chinois en janvier 2020. L’existence de ces écouvillons était auparavant connue, tout comme le fait qu’ils étaient positifs pour le matériel génétique du SRAS-CoV-2. Mais fin janvier de cette année, des scientifiques du CDC chinois ont téléchargé – puis supprimés plus tard – des données génétiques supplémentaires de ces écouvillons dans une base de données génétique publique appelée GISAID, a déclaré l’OMS. Ces données supplémentaires, qui n’avaient pas été divulguées auparavant, indiquent que les écouvillons positifs au SRAS-CoV-2 contenaient également du matériel génétique humain et animal, en particulier de grandes quantités de matériel génétique qui correspond étroitement à celui des chiens viverrins.

Les chiens viverrins – des animaux ressemblant à des renards dont les visages ressemblent étroitement à ceux des ratons laveurs – sont connus pour être sensibles à l’infection par le SRAS-CoV-2 et étaient connus pour être vendus sur le marché.

Un tel mélange étroit de matériel génétique du virus et d’un animal sensible à l’épicentre de l’épidémie fournit des preuves supplémentaires – bien qu’encore non concluantes – à l’appui d’une hypothèse de débordement naturel au lieu de la principale hypothèse concurrente d’une violation de la biosécurité en laboratoire, c’est-à-dire une  » fuite de laboratoire. » Des études génétiques antérieures avaient identifié deux lignées génétiques de SRAS-CoV-2 chez les personnes au début de la pandémie, suggérant deux sauts inter-espèces distincts chez l’homme.

Dans un scénario de débordement, le virus aurait pu sauter aux humains depuis son réservoir chez les chauves-souris via des chiens viverrins, qui seraient considérés comme un hôte intermédiaire. C’est ainsi que de nombreux virus animaux se déplacent vers l’homme, en particulier les coronavirus liés au SRAS-CoV-2. Après l’épidémie de SRAS de 2003 causée par le SARS-CoV-1, les données suggèrent que les civettes palmistes masquées et potentiellement d’autres animaux sauvages – y compris un chien viverrin – agissaient comme hôtes intermédiaires sur un marché d’animaux sauvages un peu comme le marché de Huanan. Un autre coronavirus, le MERS-CoV, qui cause le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), est également connu pour se propager aux humains via des dromadaires.

Recherche de données

Les données génétiques récemment découvertes sur le marché de Huanan n’ont pas encore été rendues publiques, et une grande partie de ce que l’on sait provient des rapports des médias sur les données. L’Atlantique a été le premier à signaler l’existence des données jeudi.

Mais l’OMS a confirmé vendredi lors d’un point de presse qu’elle avait pris connaissance des données pour la première fois dimanche, et mardi, elle a réuni SAGO, le groupe consultatif scientifique de l’agence pour les origines des nouveaux agents pathogènes. Lors de cette réunion, des scientifiques internationaux qui ont pu télécharger les données avant qu’elles ne soient retirées du GISAID ont présenté leur analyse préliminaire au groupe consultatif.

Les scientifiques travaillant sur l’analyse comprennent Michael Worobey, un biologiste de l’évolution à l’Université de l’Arizona ; Kristian Andersen, virologue au Scripps Research Institute en Californie ; Edward Holmes, biologiste à l’Université de Sydney ; et Angela Rasmussen, virologue à l’Organisation des vaccins et des maladies infectieuses de l’Université de la Saskatchewan au Canada.

Florence Débarre, théoricienne spécialisée en biologie évolutive et travaillant au CNRS, l’agence nationale française de la recherche, est créditée de la recherche de données qui a initialement découvert les données sur GISAID début mars avant qu’elles ne soient supprimées.

Selon les médias, les données ont été retirées du GISAID après que les scientifiques internationaux analysant les données ont contacté le CDC chinois pour collaborer.

« Le gros problème en ce moment est que ces données existent et qu’elles ne sont pas facilement accessibles à la communauté internationale. C’est d’abord et avant tout absolument critique, sans compter qu’elles auraient dû être mises à disposition des années plus tôt », a déclaré Maria Van Kerkhove, la Le responsable technique de l’OMS sur le COVID-19, a déclaré vendredi.

Tout au long des enquêtes sur les origines du SRAS-CoV-2, la Chine a avancé une hypothèse douteuse selon laquelle le virus était entièrement originaire de l’extérieur de ses frontières, suggérant à un moment donné qu’il avait été transporté sur le marché de Huanan via des aliments surgelés importés. Il a fortement repoussé les suggestions d’une éventuelle fuite de laboratoire et avait précédemment nié l’existence d’animaux sauvages à Huanan qui auraient pu agir comme hôtes intermédiaires.

Le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a fait écho à la frustration de Van Kerkhove, soulignant que l’agence a de nouveau poussé la Chine à la transparence.

« Ces données auraient pu – et auraient dû – être partagées il y a trois ans », a déclaré Tedros vendredi. « Nous continuons d’appeler la Chine à faire preuve de transparence dans le partage des données, à mener les enquêtes nécessaires et à partager les résultats. Comprendre comment la pandémie a commencé reste un impératif à la fois moral et scientifique. »

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