L’objectif est de permettre aux équipes médicales de détecter les infections virales avant qu’elles ne deviennent des pandémies.
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Une équipe internationale de chercheurs ayant des liens avec l’UBC a découvert neuf nouveaux coronavirus, portant le nombre connu de virus à 53.
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Les coronavirus nouvellement découverts, bien que de la même famille que le SRAS-CoV-2 (qui cause le COVID-19), infectent les vertèbres marines et sont inoffensif pour l’homme a déclaré le chercheur principal de l’équipe.
Mais les résultats peuvent aider les équipes médicales à identifier les futures infections virales avant qu’elles ne se transmettent aux humains ou n’affectent le bétail, les cultures et les espèces en voie de disparition, a déclaré Artem Babaian, ancien boursier postdoctoral à l’UBC, par téléphone depuis Cambridge, en Angleterre.
Les résultats ont été publiés cette semaine dans La nature une revue scientifique de premier plan.
« Les neuf que nous avons trouvés sont totalement inoffensifs pour les humains », a déclaré Babaian. « Mais nous pouvons transformer cela en un réseau de surveillance géant pour les virus. « L’idée est qu’à l’avenir, lorsque les virus se propageront aux humains, une nouvelle génération de diagnostics sera disponible pour détecter les virus lorsque nous ne savons pas ce qu’est le virus. »
Fondamentalement, a déclaré Babaian, l’innovation de son équipe offre à tous les chercheurs un moyen peu coûteux et rapide de lier un nouveau virus qui apparaît, par exemple, à Nanaimo à un chameau en Afrique qui a été échantillonné en 2012.
Et tout ce qu’il faut, c’est quelques minutes.
Babaian, 32 ans, a étudié la génétique médicale à l’UBC pour son post-doctorat et avait mené des recherches génétiques sur le cancer lorsque COVID-19 a élevé ses vilaines protéines de pointe.
Le document de recherche qui vient d’être publié a commencé comme un projet parallèle amusant, a-t-il déclaré, lorsque lui et son copain d’escalade Jeff Taylor, l’un des co-auteurs de Babaian, ont griffonné l’idée au dos d’une serviette le 3 mars 2020.
« Nous étions en quelque sorte assis sur nos mains avec la pandémie », a déclaré Babaian. « W Nous avons décidé que nous allions rechercher toutes les données collectées par le monde au cours des 14 dernières années pour essayer de trouver chaque nouveau virus à ARN, y compris les coronavirus.
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Au cours de la dernière décennie et demie, des chercheurs du monde entier ont déposé des données de séquençage d’ADN ou d’ARN dans une archive. Le problème, a déclaré Babaian, est que la quantité de ces données équivaut à environ 40 millions de gigaoctets à ce stade, et chaque jour, de nouvelles données sont ajoutées.
« Ces archives se développent très, très rapidement », a déclaré Babaian. « Il croît en fait plus vite que la croissance de la puissance de traitement informatique.
« Ces données étaient essentiellement inaccessibles aux chercheurs. »
Pensez aux meules de foin et aux aiguilles.
Puis le Instituts nationaux de la santé aux États-Unis a lancé un programme d’infrastructure appelé FOULÉES utiliser ordinateurs en nuage pour rationaliser les données, avec des institutions académiques et des partenaires du secteur privé tels que Google et Amazon.
Babaian s’est approché de l’UBC Centre d’innovation infonuagique établi avec Amazon en tant que premier centre universitaire de ce type au Canada, et cela lui a ouvert la porte, a-t-il déclaré.
« Nous avons eu une idée et ils ont fait appel à des experts de leurs réseaux pour la concrétiser. Désormais, la communauté mondiale peut bénéficier de toutes ces recherches jusqu’alors inexploitées.
Le centre a démarré ses activités en janvier 2020.
« Alors que le cloud public tel que nous le connaissons existe depuis 15 ans, les dernières années d’innovation chez Amazon Web Services ont vraiment rendu possible la recherche en génomique d’une nouvelle manière », a déclaré Coral Kennett, responsable du Center for Amazon Web Services. . «Nous avons pu donner à Artem l’accès à la puissance de calcul pour quelques centimes par requête. Nous encourageons fortement la communauté des chercheurs à soumettre leurs projets et leurs idées au Cloud Innovation Center afin que davantage d’innovations soient mises en lumière au profit de la communauté.
Outre les neuf nouveaux coronavirus que Babaian et son équipe ont découverts à l’aide d’un outil informatique innovant qu’ils ont inventé, l’équipe a également identifié 135 000 nouveaux virus à ARN, alors que 15 000 étaient connus auparavant.
« Cela s’est avéré très réussi, très efficace », a déclaré Babaian. « Il a fallu 11 jours pour analyser toutes les données du monde, ou presque toutes les données du monde. »