Dark Life est l’histoire de Ty, un adolescent vivant sous la mer. Il rencontre Gemma, une adolescente de la terre, qui est allée sous l’eau à la recherche de son frère. Lorsqu’un groupe de hors-la-loi appelé le Seablite Gang attaque une ferme, Ty et Gemma s’impliquent plus qu’ils ne le souhaiteraient dans la tentative de capturer les bandits. Ils découvrent que Shade est en fait le frère de Gemma, qui peut changer d’apparence grâce à son « Dark Gift ». Ty a également un Dark Gift qu’il a gardé secret, qu’il décide de révéler aux autres colons afin de sauver la vie de Shade. Lorsque les colons sont pris dans la station commerciale alors qu’elle inonde, Ty utilise son Dark Gift pour appeler un groupe de dauphins pour les sauver tous.
Ty est le premier enfant à naître sous l’océan. Il est membre de la colonie benthique, les premiers pionniers à se déplacer sous la mer après que l’élévation du niveau de la mer a englouti la moitié du monde. Les enfants qui grandissent sous la mer ont des dons sombres, des capacités spéciales causées par la pression de l’eau sur leur cerveau en développement. Le pouvoir de Ty est un biosonar ; il peut utiliser un sonar pour « voir » sous l’eau et pour communiquer avec des animaux tels que les dauphins et les baleines. Quand il était petit, il a été emmené chez les médecins de Topside et a fait des expériences, et a dû prétendre que ses capacités avaient disparu avant qu’ils ne le lâchent. Maintenant, il cache sa capacité à tout le monde et encourage les autres enfants à faire de même.
Ty rencontre Gemma, une fille Topsider à la recherche de son frère, sur un sous-marin abandonné. Ils s’enfuient du Seablite Gang et Ty la ramène à la maison. Lorsque la maison du voisin de Ty est attaquée par les hors-la-loi, Ty et Gemma les aident. Ty a un bon aperçu de Shade, le chef albinos du gang. Plus tard, en aidant Gemma à localiser son frère, Ty aperçoit Shade dans le saloon de la Trade Station. La couleur de peau de Shade est maintenant différente, et Ty sait qu’il doit informer les autres colons de cette information, malgré les menaces de Shade à son encontre.
Sur le chemin du retour, Gemma et Ty sont attaqués par les hors-la-loi, mais ils parviennent à s’échapper. Ils trouvent la prison dont le gang Seablite s’est échappé, mais découvrent qu’il ne s’agit pas du tout d’une prison. C’était une maison de correction où les enfants étaient maltraités par le gouvernement et forcés de chercher des perles noires. Cependant, toute sympathie qu’ils auraient pu avoir pour le gang prend fin lorsqu’ils découvrent que le frère de Gemma est mort, assassiné par les hors-la-loi Seablite.
Cette nuit-là, le Seablite Gang attaque la ferme de Ty et Shade essaie de prendre Gemma. La petite sœur de Ty, Zoe, utilise son Dark Gift pour l’électrocuter et Shade est capturé. Cependant, lorsque Ty et Gemma vont l’identifier, Shade change d’apparence devant Ranger Grimes. Il attrape alors Gemma et la menace. Ty s’il est obligé de prendre la clé et de le laisser sortir. Ty se rend alors compte que Gemma a disparu et la trouve dans le saloon en train de parler à Shade. Shade révèle qu’il est en fait le frère de Gemma et qu’il a un Dark Gift qui lui permet de changer d’apparence. À ce moment-là, une bande de colons entre et essaie de pendre Shade pour ses crimes, mais Ty parvient à les arrêter. Il révèle que les Dark Gifts sont réels et demande aux autres colons de ne pas en avoir peur. Shade leur dit que Doc Kunze n’est pas leur ami et qu’il veut expérimenter sur leurs enfants. Doc essaie de tuer Shade mais le rate, puis s’éloigne à la nage.
Shade part avec sa bande. Il dit à Gemma qu’elle ne peut pas venir avec lui, mais il signe son formulaire d’émancipation, ce qui signifie qu’elle n’est plus sous le contrôle du gouvernement. Cependant, le tir manqué de Doc a en fait percé le mur, et maintenant la mer commence à inonder. Les colons sont piégés, mais Ty parvient à les sauver en utilisant son Dark Gift pour appeler un groupe de dauphins. Les dauphins les transportent en lieu sûr, mais Gemma est presque tuée lorsque Doc essaie d’attraper son dauphin. Sur le pont, Zoe utilise son Dark Gift pour relancer le cœur de Gemma. Les colons se rendent compte que les Dark Gifts peuvent être une bonne chose après tout. Ils sont choqués de ce que le gouvernement a fait au Seablite Gang et de ce que Doc avait l’intention de faire à leurs enfants. Ils décident que le territoire benthique serait mieux s’il était indépendant du Commonwealth.