Le matin du 11 septembre, Anoop Kumar, spécialiste des soins intensifs, s’est retrouvé confronté à une situation inhabituelle. Quatre membres de la même famille avaient été admis la veille à son hôpital – Aster MIMS à Kozhikode, Kerala –, tous également malades. Est-ce qu’il y jetterait un œil ?
Il a réuni son équipe de médecins pour enquêter. Bientôt, ils se retrouvèrent au chevet d’un garçon de 9 ans, de sa sœur de 4 ans, de leur oncle de 24 ans et d’un cousin de 10 mois. Tous étaient arrivés à l’hôpital avec de la fièvre, de la toux et des symptômes pseudo-grippaux. L’enfant de 9 ans souffrait de détresse respiratoire, avait du mal à respirer correctement et avait dû être mis sous respirateur non invasif, avec de l’air pompé à travers un masque pour maintenir ses poumons dilatés.
Leurs symptômes étaient inquiétants et mystérieux : aucun membre de l’équipe ne pouvait identifier ce qui n’allait pas. Mais en fouillant dans leur histoire familiale, Anoop et ses collègues ont vite découvert un indice. Le père des deux jeunes frères et sœurs, Mohammed Ali, 49 ans, agriculteur, était décédé moins de deux semaines auparavant. Et lorsque l’équipe d’Aster MIMS a contacté l’hôpital qui avait soigné Ali, elle a découvert qu’il avait été admis avec des symptômes similaires, une pneumonie et de la fièvre.
En creusant plus profondément, ils ont appris de l’autre hôpital qu’Ali présentait également des symptômes neurologiques, qui avaient apparemment été négligés par ses médecins : il avait une vision double, souffrait de convulsions et avait des difficultés d’élocution. Malgré cela, la mort d’Ali avait été attribuée à une « défaillance multiviscérale », un diagnostic vague sans indication de la cause. La sonnette d’alarme a commencé à sonner dans la tête d’Anoop.
Le cas d’Ali rappelle à Anoop celui de mai 2018, lorsqu’il avait diagnostiqué chez cinq patients une combinaison de symptômes pseudo-grippaux, de détresse respiratoire et de problèmes neurologiques. Ces patients souffraient d’un virus zoonotique rare mais mortel appelé Nipah.
On pense qu’il se transmet aux humains par les chauves-souris. Le taux de mortalité chez les humains se situe entre 40 et 75 pour cent. Lors de l’épidémie de 2018 au Kerala, la toute première en Inde, 18 personnes ont attrapé le virus. Dix-sept sont morts.
« Vous pouvez le contracter par contact direct avec des animaux infectés, tels que des chauves-souris ou des porcs, ou par des aliments ou de l’eau contaminés par leurs fluides corporels », explique Thekkumkara Surendran Anish, professeur agrégé de médecine communautaire au Government Medical College de Manjeri, Kerala. qui dirige l’équipe de surveillance Nipah de l’État. « Un contact étroit avec une personne infectée et ses fluides corporels peut également vous exposer à Nipah. » Le virus est depuis apparu à plusieurs reprises au Kerala.
Anoop et son équipe savaient qu’ils devaient agir rapidement : il n’existe aucun traitement autorisé contre Nipah, ni aucun vaccin pour se protéger. Si le virus devait s’installer ou se propager en dehors de la zone locale, les effets pourraient être catastrophiques. Mais il leur fallait d’abord une confirmation.
L’ensemble des cas mystérieux chez ces patients, leur lien avec Ali, ses symptômes neurologiques préoccupants, son absence de diagnostic approprié : « Nous avions de bonnes raisons de soupçonner à nouveau Nipah », dit Anoop. « Un autre signal d’alarme était le déclin rapide du patient », dit Anoop à propos d’Ali. En quelques jours, il tomba malade et mourut. Et puis il y a eu une dernière alarme : « Ali vivait près de l’épicentre de l’épidémie de Nipah au Kerala en 2018. »
Craignant le pire, l’équipe a immédiatement isolé les patients et envoyé des prélèvements du nez et de la gorge à la famille pour des tests. À peine l’avaient-ils fait qu’un autre patient était admis avec des symptômes similaires. Mangalatt Haris, quarante ans, qui vivait à Ayanchery, Kozhikode, est arrivé à Aster MIMS dans un état critique. Il est décédé plus tard dans la journée. Ses échantillons d’écouvillonnage nasal ont également été envoyés pour tester Nipah.
Les résultats sont tombés le lendemain : trois des patients avaient été testés positifs au virus : le fils d’Ali, âgé de 9 ans, son oncle de 24 ans et Haris, apparemment sans lien de parenté. L’hôpital où Ali avait été soigné lui avait effectué des prélèvements nasaux pour exclure la possibilité du COVID et de diverses autres infections. Ceux-ci ont également été envoyés pour des tests et se sont révélés positifs à Nipah, établissant apparemment Mohammed Ali comme le premier cas de cette épidémie.
Mais l’était-il ? Haris n’avait aucun lien avec la famille d’Ali et ne vivait pas non plus dans le même quartier. Il a peut-être contracté le virus auprès d’un inconnu. Ali n’est peut-être pas le premier cas, mais simplement le premier à avoir été repéré jusqu’à présent. Anoop pensait également à la période d’incubation. Le virus s’installe sur une période de 14 à 21 jours, ce qui signifie que des semaines peuvent s’écouler entre l’infection et l’apparition de signes de maladie. Si d’autres personnes étaient impliquées dans cette épidémie, le virus aurait déjà pu se propager largement, sans que l’on s’en aperçoive.
Code rouge
La gravité de la situation n’a pas échappé aux autorités de l’État. Avec la confirmation de ces diagnostics positifs de Nipah, le mécanisme de santé publique du Kerala est passé à la vitesse supérieure. Le 13 septembre, les autorités sanitaires ont divisé le district en zones de confinement et ont instauré des mesures de confinement strictes, tout comme elles l’ont fait pour le COVID. Les écoles, les bureaux et les transports publics ont été fermés, les déplacements vers et hors des zones ont été restreints et seuls les magasins essentiels ont été autorisés à rester ouverts, et ce pendant des heures limitées. Par mesure de précaution, les gens ont dû utiliser des masques, pratiquer la distanciation sociale et utiliser des désinfectants pour les mains. Les agents de santé de l’État se sont alors attelés à la tâche ardue de recherche des contacts. Ils ont isolé toute personne ayant de la fièvre et retracé 1 233 contacts des cas – toute personne ayant été en contact avec Mohammed Ali, sa famille et le deuxième patient Haris alors qu’ils étaient susceptibles d’être contagieux. Un agent de santé a été testé positif.
Pendant ce temps, les médecins étudiaient les antécédents familiaux du deuxième patient, Haris, pour tenter d’établir un lien entre les cas. En étudiant chacun de ses mouvements avant son admission à Aster MIMS, ils ont finalement fait une percée, grâce à des images de vidéosurveillance.
« Nous avons appris qu’Haris avait accompagné son beau-père malade, admis dans le même hôpital [as Ali], et il se trouvait aux urgences à côté de celui d’Ali », raconte Anish. Les deux services partageaient un agent de santé, que les autorités soupçonnent d’avoir propagé le virus entre les deux.