Nous apprenons bientôt que cette opération particulière n’est qu’une pièce d’un puzzle très vaste et dangereux : Ethan pense qu’il existe une sorte d’anti-FMI appelé le Syndicat, une organisation terroriste capable de renverser l’ordre mondial actuel et déterminée à détruire les choses de l’intérieur. Comme il l’apprend en visitant un magasin de disques londonien qui sert également de siège du FMI, il a raison : le Syndicat est réel et proche. Il ne l’apprend que via l’enregistrement classique destiné à l’informer de sa mission, sauf que le Syndicat est désormais en charge de ces enregistrements. (C’est une bonne idée que le co-scénariste / réalisateur Christopher McQuarrie ait demandé à l’animateur Pixar Teddy Newton de faire la voix de cet enregistrement, car Newton a joué un rôle similaire dans l’entrée de 2011 « Mission: Impossible – Ghost Protocol ».)
Ethan se retrouve brièvement face à face avec l’homme derrière le Syndicat, un ancien agent du MI6 nommé Solomon Lane ( Sean Harris ), avant d’être capturé par les hommes de Lane et presque torturé à mort. Ce n’est que grâce à l’aide de l’énigmatique Ilsa qu’Ethan s’échappe. (Après l’avoir vue envoyer en douceur un certain nombre d’hommes avec lesquels Ethan suppose qu’elle travaillait, il la regarde, presque hébété, et demande : « … est-ce que nous savoir les uns des autres? » L’un des nombreux moments merveilleusement drôles de ce film, en partie parce que McQuarrie semble s’enfermer dans à quel point Cruise peut être étonnamment hilarant avec seulement quelques brefs mots de dialogue.)
L’évasion d’Ethan, cependant, ne pouvait pas arriver à un pire moment pour le FMI. Bien que l’organisation ait toujours eu ses problèmes – pensez au bâillon courant dans « Ghost Protocol » selon lequel l’équipe dépouillée est à peine capable d’utiliser l’un de ses divers gadgets, qui tombent continuellement en panne – elle est à l’article de la mort grâce aux protestations de la CIA Le réalisateur Alan Hunley (Alec Baldwin), qui est prêt à démanteler le FMI et ses tactiques dangereuses malgré les défenses de William Brandt (Jeremy Renner). Hunley gagne, au moins temporairement, et Ethan disparaît tandis que Brandt et Benji sont amenés à un travail sans âme à la CIA.