« City of Lost Souls » est le cinquième volet de la série Mortal Instruments de Cassandra Clare, et suit les efforts de Clary et Simon alors qu’ils tentent de rompre le lien qui relie Jace et Sebastian, et d’empêcher Sebastian de déclencher une guerre entre le bien et Mal sur Terre. Au début du roman, Clary se reproche d’avoir laissé Jace seul sur le toit avec Sebastian. Les chasseurs d’ombres à travers le pays sont à la recherche de Jace et Sebastian, liés ensemble par un sort maléfique lancé par Lilith à travers une rune. Clary, Simon et les autres savent que tout mal qui arrive à Jace ou Sebastian blesse également l’autre. Sebastian doit être tué, mais le lien doit être rompu avant que Sebastian puisse être tué, sinon Jace mourra également.
Clary veut à tout prix éviter que Jace meure, car Jace est son petit-ami et son seul véritable amour. Une nuit, Jace et Sebastian arrivent dans l’appartement de Luke, la fiancée de la mère de Clary, Jocelyn. Jace implore Clary de partir avec lui et Sebastian, mais Luke et Jocelyn interviennent. Luke est poignardé par Sebastian, qui s’enfuit ensuite avec Jace. Elle, Simon, la petite amie de Simon Isabelle et le frère d’Isabelle, Alec, redoublent d’efforts pour trouver un moyen de séparer Jace et Sebastian. Ils décident d’aller voir la reine Seelie, chef des fées, pour voir si elle peut les aider. La reine Seelie les aidera pour un prix : l’ensemble d’anneaux féeriques utilisés pour les télécommunications doit être volé à l’Institut de New York et rendu à la reine. Clary accepte de le faire.
Cependant, lorsque Clary a volé les bagues, elle décide de ne pas les donner à la reine. Au lieu de cela, elle en donne un à Simon pour communiquer avec lui et va rejoindre Jace et Sebastian. Clary fournit à Simon des informations sur leurs allées et venues et fait également de son mieux pour voir si elle peut transformer Jace de Sebastian. Pendant ce temps, Sebastian insiste sur le fait que lui et Jace font le bien plutôt que le mal. Il dit à Clary que lui et Jace essaient de faire bouger les choses parce que les Shadowhunters sont devenus paresseux et se sont imposés. Sebastian dit que lui et Jace essaient d’attirer les démons sur Terre afin de les détruire comme les Shadowhunters sont censés le faire.
Simon, Isabelle, Alec et le petit ami d’Alec, le sorcier Magnus Bane, décident que faire appel à l’ange Raziel peut les aider à trouver un moyen de sauver Jace. Simon, portant la marque de Caïn, devient celui qui appelle Raziel. Raziel accepte de donner à Simon l’épée de Michael l’archange, Glorious, pour rompre le lien entre Jace et Sebastian à condition que Simon renonce à la marque de Caïn. Simon accepte volontiers.
Sebastian, quant à lui, a une version de la Coupe Mortelle façonnée en Adamas par Sœur Magdalene des Sœurs de Fer. Il demande ensuite à Jace de tuer Magdalene pour couvrir leurs traces, mais pas avant que Magdalene ne poignarde Jace et n’endommage la rune qui le lie à Sebastian. Pendant ce temps, Jace, redevenu lui-même temporairement, raconte à Clary tout sur les véritables plans diaboliques que lui et Sebastian ont. La coupe mortelle doit être remplie du sang de démon de Lilith, pour créer une armée de Dark Shadowhunters pour conquérir le monde. Sebastian referme la rune de liaison après avoir découvert ses dommages. Il oblige Clary à assister à une cérémonie où une quarantaine de Chasseurs d’Ombres désenchantés boivent du sang démoniaque.
C’est alors que Simon, Isabelle, Magnus, Alec et d’autres arrivent pour se battre. Avec Glorious en main, Clary poignarde Jace, ce qui rompt le lien entre lui et Sebastian. L’unité de Sebastian de Dark Shadowhunters nouvellement transformée est vaincue. Jace est soigné et récupère. Il jure de tuer Sebastian.