Toru Okada quitte son emploi de garçon de chambre dans un cabinet d’avocats de Tokyo et reste à la maison pour s’occuper de la maison pendant que sa femme travaille. Toru et Kumiko sont mariés depuis six ans. Les Okada ont un mariage insulaire et sans enfant. Ils vivent à Tokyo avec leur chat, Noboru Wataya. La vie tranquille de Toru change quelques jours après la disparition de leur chat et il rencontre un groupe inhabituel de personnages qui l’aident à explorer les liens entre l’éveil et le rêve, le passé et le présent, le bien et le mal. Une fois la recherche du félin capricieux lancée, Toru se lie d’amitié avec l’adolescente May Kasahara. Peu de temps après avoir rencontré May, Toru rencontre Malta Kano, une voyante inhabituelle dont la marque de fabrique est un chapeau en vinyle rouge. Malta doit son nom à l’île, tout comme sa sœur cadette Creta Kano. Ensuite, Toru fait la connaissance du lieutenant Mamiya, un ancien soldat de l’armée japonaise pendant la Seconde Guerre mondiale. Mamiya et Toru se rencontrent grâce à l’association de Mamiya avec M. Honda, qui est hanté par les souvenirs de la défaite japonaise à Nomonhan. Mamiya et Toru ont tous deux une affinité pour être au fond des puits profonds. Plus important encore, l’amitié de Toru avec le lieutenant est essentielle pour éveiller l’intérêt de Toru pour l’histoire japonaise de la Seconde Guerre mondiale.
Après que Kumiko l’a quitté, Toru commence à observer les gens à la gare de Shinjuku où il rencontre pour la première fois Nutmeg Akasaka. Elle et son fils, Cinnamon, sont impliqués dans une entreprise secrète et Toru finit par faire partie de leur organisation. Aller au fond du puits d’une propriété maudite devient finalement l’objectif principal de Toru. Dans le puits, il est capable de se connecter à sa propre conscience. De plus, il fait un rêve récurrent sur une chambre d’hôtel. Toru découvre bientôt qu’il est capable de traverser le mur entre le puits et la chambre d’hôtel. Après avoir traversé le mur pour la première fois, Toru découvre une marque d’encre bleu-noir, de la taille d’une petite main d’enfant, sur sa joue droite. Il y a deux événements particulièrement violents dans le roman qui influencent la vision du monde du protagoniste principal. Le premier implique Toru suivant un homme portant un étui à guitare. La deuxième scène violente a lieu lorsque Toru traverse le mur de la chambre 208. Curieusement, cet acte violent particulier apporte également une certaine résolution au subconscient de Toru. Au cours du roman, Toru Okada se retrouve sous différentes formes. Une fois, il est un jeune garçon en train de rêver. Dans un autre cas, Toru est confondu avec le père de Nutmeg, un vétérinaire du zoo de Hsin-ching qui porte la même marque faciale que Toru. Ces incarnations s’inscrivent dans le fil du récit et renforcent l’idée que la personnalité de Toru se fracture d’une manière ou d’une autre au cours du récit, pour être réintégrée à la fin.