Alors que commence « Shift » de Hugh Howey, nous sommes en 2049. Le démocrate Donald Keene vient d’être élu au Congrès. Il se rend à Washington pour purger son mandat et rencontrer le sénateur démocrate géorgien Thurman. L’expérience de Keene en architecture et sa conception universitaire de silos souterrains ont incité le sénateur Thurman Keene à lui recommander de travailler sur le projet d’installation de confinement et d’élimination, ou CAD-FAC. Le CAD-FAC est conçu pour stocker le combustible nucléaire usé mondial et sera constitué de dizaines de silos souterrains. Keene accepte de travailler sur le projet, bien qu’il ne soit pas satisfait de la recommandation de la fille de Keene, Anna. Anna et Keene sont sortis ensemble alors qu’ils étaient à l’université, un fait qui met la femme de Keene, Helen, mal à l’aise.
Le CAD-FAC est achevé en Géorgie plusieurs années plus tard. Le terrain au-dessus des silos accueille la Convention nationale démocrate. Pendant ce temps, des explosions nucléaires explosent. Keene et d’autres sont précipités sous terre dans CAD-FAC. Il est révélé que le véritable objectif du CAD-FAC est de sauver l’humanité d’une destruction totale. Des milliers de personnes sont enfermées dans des silos qui s’étendent à des kilomètres sous terre pour vivre leur vie pendant cinq cents ans pendant que la terre redevient hospitalière. Le silo central, Silo 1, abrite des équipes de personnes du vieux monde, dont Thurman et Keene. Ils sont réveillés toutes les quelques décennies du sommeil cryogénique pendant six mois consécutifs, où ils supervisent le contrôle et la surveillance des autres silos. De temps en temps, des rébellions et des violences généralisées dans les silos provoquent l’extermination et la replantation des populations.
Keene est écoeuré de savoir que toute l’opération était une conspiration et de savoir que Thurman et son groupe ont eux-mêmes déclenché les explosions nucléaires. Thurman explique que cela était nécessaire en raison de la montée du nanoterrorisme. Il poursuit en disant que de toute façon, ce n’était qu’une question de temps avant qu’un événement catastrophique ne se produise. De bonnes personnes avaient développé des robots nanomédicaux de la taille d’une cellule pour guérir et réparer le corps humain, mais des terroristes et des voyous comme les Iraniens les ont utilisés comme armes pour déchirer les gens. Thurman a pris de l’avance en tuant des milliards de personnes avec des armes nucléaires, mais en en sauvant des milliers pour relancer la population mondiale dans cinq cents ans. Keene est horrifié par ce qui s’est passé, mais sait qu’il doit maintenant s’assurer qu’autant de personnes que possible survivent dans les autres silos. Toutes les quelques décennies, les silos doivent être remis en place. D’autres se déconnectent complètement et ne peuvent pas être réactivés.
Au Silo 18, une révolution commence. Mission, dix-sept ans, se retrouve au milieu de la violence, mais il bénéficie d’un sursis. Au lieu d’être tué, son esprit est effacé. Il est autorisé à se marier et à avoir des enfants. Dans le Silo 17, un soulèvement entraîne l’effondrement de la population, ne laissant qu’une poignée de survivants, dont Jimmy. Jimmy vit des années sans voir personne. Pendant ce temps, Keene découvre d’autres secrets sur le projet de silo. Il tue Anna pour son rôle dans les choses. Il découvre alors le véritable objectif de Thurman et des autres fondateurs. Seul un silo sur des dizaines doit être relâché dans le monde. Tous les autres, y compris le Silo 1, doivent être exterminés. Thurman explique que c’est dans le but d’éradiquer les mauvaises connaissances sur la nanotechnologie et les armes nucléaires de l’ancien monde. Keene tue alors Thurman. Keene apprend qu’une seule femelle s’est échappée d’un des silos et s’est dirigée vers un autre. Cette femme, Juliette, devient la première personne que Jimmy voit depuis des années. Juliette appelle Keene par radio, lui disant qu’elle a commencé à découvrir la vérité sur les silos et qu’ils viendront chercher Keene.