Batman : le retour du chevalier noir est l’histoire du voyage d’un homme pour découvrir son vrai moi et trouver du réconfort en lui. En conflit pendant la majeure partie de sa vie, la mission de Bruce Wayne ne change jamais. Presque sans volonté, Bruce Wayne est aspiré dans le style de vie et l’appel qu’il avait abandonnés des décennies plus tôt. Que ce soit un acte conscient de rédemption ou non, Bruce se débat avec ce qu’il doit faire pour arranger les choses en lui-même et dans la ville de Gotham. De plus, les autres personnages ont aussi leurs propres conflits à résoudre et de vraies natures à découvrir ou redécouvrir. En fin de compte, une seule identité peut exister à la fois, ce que Batman apprend à la fin.
L’histoire commence alors que Bruce Wayne est toujours à la retraite en tant que Batman. Ce n’est que par une décision inconsciente qu’il redevient Batman. Surtout au début de l’histoire, il est clair qu’il est aux prises avec des démons intérieurs qui lui disent de reprendre là où il s’est arrêté en tant que Batman. Il prend pleinement conscience de ce qui se passe lorsqu’Alfred lui fait remarquer que sa moustache a disparu. Son premier acte en tant que Batman se produit alors qu’il prend la défense de deux jeunes filles rentrant chez elles la nuit. Carrie Kelley est l’une de ces filles et l’expérience change sa jeune vie. Voyant son opportunité de faire la différence et d’aider à son tour Batman, elle obtient un costume de Robin et s’associe à Batman en tant que nouvel acolyte.
Batman affronte ensuite Harvey Dent, qui vient d’être libéré de l’asile d’Arkham et qui, selon les médecins, n’est pas une menace pour la société. Malheureusement, la première chose qu’il fait est de retourner directement à sa vie de criminel. Batman y met immédiatement fin et le secret est dévoilé : Batman est de retour. Lorsque les autorités en ont vent, elles font tout ce qui est en leur pouvoir pour l’arrêter, car elles ne le voient que comme une menace. Même Superman sort du bois, sur ordre du président, pour le faire taire. Il refuse, puis écrase le Joker, qui vient également de sortir de l’asile.
Il parvient à transformer le gang d’adolescents Mutants en Sons of Batman, qui combattent le crime à sa demande, bien que de manière violente. Ensuite, il affronte Superman, qui croit à tort qu’il a tué Batman. Après un plan élaboré pour simuler la mort et les funérailles, Bruce Wayne est en fait mort, bien que Batman ne l’est pas. Son héritage se poursuit à travers le travail des Sons of Batman et Robin.