Rainbow est une organisation antiterroriste nouvellement créée dont le siège est à Hereford, en Angleterre, au même endroit que la base des services secrets britanniques. Cette équipe multinationale est composée d’officiers militaires et du renseignement hautement qualifiés, capables de se mobiliser rapidement lorsqu’on leur demande de l’aide. Rainbow est une « opération noire » qui reste dans l’ombre et ne répond à une situation terroriste qu’à la demande du gouvernement d’un pays. L’organisation est dirigée par l’ancien agent de la CIA John Clark, nom de code Rainbow Six.
John Brightling, le riche PDG d’une société pharmaceutique américaine Horizon Corporation, a secrètement embauché un ancien agent du KGB soviétique, Dmitriy Popov, comme consultant. Le rôle de Popov est de déclencher une nouvelle vague d’incidents terroristes à travers l’Europe. Popov y parviendra en offrant des paiements importants aux contacts de l’ancien réseau terroriste avec lequel il a traité dans le passé. Brightling ne fournit pas à Popov la raison sous-jacente de cette opération.
Popov fait son travail et incite d’anciens terroristes à l’action dans plusieurs incidents à travers l’Europe, toutes des situations dangereuses impliquant des otages. Rainbow est appelé et parvient à éliminer les terroristes sans nuire aux otages. En examinant les enregistrements des incidents, Popov repère des similitudes spécifiques, le convainquant que la « police » qui a répondu aux incidents est en fait une opération paramilitaire sophistiquée et non des forces de l’ordre locales. Dans le même temps, Rainbow soupçonne qu’il y a un super terroriste dans les coulisses qui attise l’ancien réseau terroriste. Chaque camp s’efforce de découvrir l’autre, travaillant involontairement l’un vers l’autre.
John Brightling et son groupe dévoué de partisans sont des radicaux environnementaux. Ils ont le sentiment que la Terre est détruite par les humains et veulent la voir restituée à la nature et aux animaux. Horizon Corporation a développé un virus mangeur de chair semblable à Ebola appelé virus Shiva. L’efficacité du virus est testée sur des humains arrêtés dans les rues de New York. Le plan diabolique consiste à propager le virus Shiva dans le monde entier, éliminant ainsi la majeure partie de l’humanité. Horizon a développé un vaccin anti-Shiva qui ne sera administré qu’à quelques privilégiés choisis par Brightling.
Le lieu cible du lancement du virus mortel est les Jeux Olympiques qui se déroulent à Sydney, en Australie. Un disciple de Brightling, Bill Henriksen, est un consultant en sécurité qui tente de remporter le contrat de sécurité des Jeux olympiques. Henriksen prévoit d’utiliser les récents incidents terroristes très médiatisés comme levier pour obtenir ce contrat. Une fois les éléments de sécurité atteints, les hommes d’Henriksen implanteront le virus Shiva respirant dans le système de refroidissement. Les athlètes et spectateurs infectés retourneront dans leur pays d’origine et propageront l’organisme hautement contagieux dans le monde entier. Il y aura un nouvel ordre mondial. La nature sera la force dominante sur terre et l’homme sera réduit à quelques vrais croyants sélectionnés.
Clark et Popov progressent tous deux dans leur découverte mutuelle. Brightling et Henriksen craignent que l’identité de Popov ne soit révélée et ne détruise potentiellement leurs plans pour la pandémie de Shiva. Popov est emmené au nouveau complexe d’Horizon au Kansas, où les survivants humains se rassembleront après que l’épidémie aura atteint son plein essor. Au complexe, Popov est enfin en mesure d’apprendre la raison pour laquelle Brightling l’a envoyé pour inciter au terrorisme et tous les détails du projet Shiva. Il est tellement consterné qu’il s’échappe et contacte John Clark. À la onzième heure, Rainbow parvient à contrecarrer les plans ignobles de John Brightling.