SANIBEL FLATS est l’histoire des aventures d’un homme nommé Marion Ford, un biologiste qui vit à Sanibel, en Floride, après un long séjour à Masagua, en Amérique centrale. Après que son ami Rafe Hollins l’ait contacté et lui ait dit que son fils avait disparu et qu’il était dans une situation désespérée, Ford quitte sa vie tranquille à Sanibel pour poursuivre Jake Hollins et le sauver d’un chef de guérilla d’Amérique centrale. Surnommé « Doc » par nombre de ses amis, l’objectif principal de Ford est l’étude de divers animaux de biologie marine. Cependant, après l’appel de Rafe, il commence à mener une enquête amateur, qui s’intensifie après avoir trouvé le corps de Rafe pendu aux arbres, un suicide apparent. Lorsqu’il devient clair que la ville de Sandy Flats déclare illégalement le suicide trop rapidement, Ford y commence son enquête avec le shérif.
Ford a heureusement des relations dans la région de Sandy Flats/Sanibel depuis qu’il a grandi à Sanibel. C’est grâce à ces relations qu’il en apprend davantage sur Rafe, son histoire et ce qui aurait pu arriver à son fils, Jake, qui n’a que 8 ans. Hollins avait kidnappé Jake à son ex-femme pour tenter de le sauver de son environnement saturé de drogue et d’alcool. Lorsque Rafe court vers l’Amérique centrale pour vivre au Costa Rica, ses anciens partenaires commerciaux volent Jake comme garantie parce que Rafe leur a volé de précieux artefacts pré-maya. Hollins donne cette information à Ford lors d’un appel téléphonique juste avant de se suicider.
Peu à peu, Ford rassemble les informations et grâce à une connexion à Masagua, retourne en Amérique centrale avec un ami nommé Tomlinson pour tenter de déterminer où se trouve Jake Hollins. Il parle à un autre leader révolutionnaire et guérillero avec lequel il est ami – Juan Rivera – et apprend que Juan Zacul a Jake. Se faisant passer pour des marchands d’artefacts intéressés à obtenir davantage d’artefacts illégaux à vendre, Ford et Tomlinson sont amenés au camp de Zacul. Ils trouvent Jake dans une tente de détention pour prisonniers et finissent par le libérer. Zacul meurt empoisonné et Jake, Tomlinson et Ford rentrent sains et saufs à Sanibel. Peu de temps après son retour, il retrouve Rafe bien vivant avec sa petite amie Jessica McClure. Jake est envoyé chez son oncle Harry Hollins et Rafe est soulagé que Ford ait sauvé son fils pour lui. Ford, quant à lui, retourne à sa vie endormie à Sanibel.