Acceptance, de Jeff Vandermeer, est le troisième livre de la trilogie Southern Reach. L’histoire s’ouvre avec Saul Evans, un gardien de phare, qui vaque à ses occupations quotidiennes. Après avoir vécu une crise personnelle au sujet de sa véritable orientation sexuelle, il a quitté son emploi de prédicateur dans le Nord et s’est rendu dans l’extrême Sud. Une fois sur place, il a accepté un emploi de gardien de phare. Son amant, Charlie, travaille sur un bateau de pêche dans la ville voisine.
Henry et Suzanne, deux chercheurs, visitent souvent le phare. Leurs visites irritent Saul. Il est certain que ce sont eux qui ont endommagé la lentille de la balise quelques jours plus tôt. Gloria, une petite fille de 10 ans, vient le voir presque tous les jours. Elle l’aide à faire des tâches ménagères ou à jouer au bord de l’eau.
L’histoire se concentre sur le présent et sur Ghost Bird. Ghost Bird et Control sont les personnages principaux qui ont sauté à travers un portail et atterri dans la Zone X à la fin du dernier livre. Ils marchent maintenant vers l’île. Ils s’y rendent parce qu’ils croient que la biologiste et son mari ont peut-être trouvé un moyen d’exister là-bas. Elle peut dire que Control présente des symptômes d’une infection. Il est fiévreux et paranoïaque. Elle se sent protectrice envers lui. Cela l’étonne.
Pour échapper à Southern Reach et à son travail, la réalisatrice (Cynthia) se rend régulièrement au Chippers Lounge et prétend être une camionneuse longue distance afin que les gens la traitent comme une habituée. Alors qu’elle est assise et boit, elle commence à repenser à la première fois où elle a demandé à Whitby de l’aider à traverser une zone non autorisée vers la zone X. Il avait accepté sans hésiter. Cependant, une fois de retour, la pauvre Whitby n’avait plus jamais été la même. C’est alors qu’elle a réalisé que la zone X infectait les gens avec une « luminosité ». Même maintenant, elle sait qu’elle lutte contre l’infection.
Pendant ce temps, dans le passé, Saul fait le ménage dans la zone autour de la base du phare. Il voit des éclats de verre et une belle fleur blanche qui pousse à proximité. Il va enquêter et trouve un éclat de verre incrusté dans son doigt. Il n’y prête aucune attention et vaque à ses occupations habituelles.
Control se trouve là, dans le noir, entouré des bras de Ghost Bird. Il pense à sauter à travers le portail pour arriver dans la Zone X. Ils ont failli se noyer. Il a l’impression de changer et il ne sait pas s’il est assez fort pour le combattre. Il a tellement de questions. Sa plus grande peur est de ne jamais connaître les réponses. Il met parfois la main dans sa poche pour trouver la pièce d’échecs sculptée que son père avait fabriquée pour lui tant d’années auparavant.
De retour au Chipper’s Lounge, Cynthia sirote sa boisson et pense à la dernière fois qu’elle a vu Saul. Elle était partie vivre avec son père, quelqu’un qu’elle détestait personnellement, et Saul lui avait demandé de ne pas l’oublier. Le vieil homme lui manque soudain terriblement. Elle n’avait pas dit à Whitby que le cottage incendié qu’ils avaient traversé était la maison de son enfance.
Pendant ce temps, Saul se sent malade. Il accepte de consulter un médecin après que Gloria se soit montrée inquiète. Ne voulant pas inquiéter l’enfant, il va voir un médecin en ville. Le médecin lui dit que c’est la grippe, mais Saul a le sentiment qu’il a tort. Il se déconnecte des autres et il se sent engourdi.
Ghost Bird aperçoit un sac flottant dans le ciel et jette immédiatement Control au sol et le recouvre de son propre corps. Il lui demande ce qui se passe et elle lui explique qu’il recherche des anomalies. Il est l’anomalie. Une tempête arrive mais elle l’abrite de celle-ci pendant la majeure partie de la nuit. Au matin, ils commencent à marcher vers l’île. Au bord du continent, ils peuvent voir l’île et trouver une barque cachée à proximité. Ils espèrent que la biologiste et son mari ont réussi à atteindre l’île et ont trouvé un moyen de survivre dans la zone X. Ils montent dans le bateau et s’éloignent du rivage.
La Directrice pense à la fois où elle a confronté Lowry à propos de Southern Reach. Il l’avait invitée dans son installation secrète où, à sa grande surprise, elle a découvert qu’il avait recréé la Zone X dans une grande zone cachée. Elle a appris que Lowry avait peur de la Zone X et l’avait toujours considérée comme un ennemi depuis son retour de l’Expédition 1. Cynthia est consternée qu’il considère la Zone X comme un ennemi.
Control et Ghost Bird passent la nuit sur l’île. Lorsqu’ils se réveillent, quelqu’un les regarde. C’est Grace, l’ancienne assistante réalisatrice. Elle leur dit qu’elle est là depuis deux ans après avoir échappé à la brèche de Southern Reach. Cela les trouble car ils viennent d’arriver dans la Zone X après la disparition de Southern Reach. La distorsion du temps est évidente.
Grace leur donne le journal de la biologiste lorsqu’ils lui demandent si elle l’a vu. Ils lisent que la biologiste, après s’être échappée de prison, est venue dans la zone X à la recherche de son mari. Elle relate les techniques de survie qu’elle a utilisées, les échantillons de la zone qu’elle a prélevés et ses observations sur la « luminosité » en elle. Elle écrit que pour garder le changement à distance, elle s’inflige de la douleur tous les deux jours, ce que Grace a également adopté. La douleur la fait rester humaine. Elle est convaincue que le hibou est son mari qui a subi une transformation. Il n’agit pas comme un hibou typique et lui apporte régulièrement de la nourriture, choisissant de se percher près d’elle la nuit. Elle indique à la fin de son journal que le hibou est mort et qu’elle est là depuis de nombreuses années sans espoir de rencontrer un autre être humain. Elle dit qu’elle ne se fera plus de mal et permettra au changement de se produire. Le journal se termine.
Saul se réveille au milieu de la nuit et court dans la salle des lanternes du phare. Il y trouve Henry, Suzanne et une autre femme. Il les menace tous avec une hache à main et les fait partir. Il apprend qu’Henry a fait le trou dans la lentille parce qu’il croyait laisser échapper une anomalie paranormale.
La biologiste s’est transformée en une grande créature amorphe aux mille yeux. Elle enfonce la porte du vieux phare où Control, Grace et Ghost Bird ont passé la nuit. Control se fait enduire d’une partie du corps de la créature et commence à avoir des hallucinations. Le lendemain matin, la biologiste est partie, mais Ghost Bird dit qu’ils ont rétabli leur connexion, que peu importe où se trouve la biologiste maintenant, Ghost Bird le saura et qu’ils pourront l’éviter.
Pendant ce temps, Saul se sent mal. Il sait qu’il ne survivra probablement pas jusqu’au retour de Charlie de son voyage de pêche. Ils ont pris leur dernier repas ensemble au restaurant, puis Charlie a laissé Saul continuer à boire et à écouter un groupe de musique. Saul a une crise psychotique et pense voir toutes sortes d’images et d’actions horribles de la part des gens dans le restaurant. Il conduit le camion aussi loin qu’il le peut. Puis, il sort et trébuche dans les bois.
Ghost Bird, Grace et Control se dirigent vers le tunnel. Ghost Bird dit qu’elle et Control entreront dans le tunnel, tandis que Grace se tiendra au sommet pour garder l’entrée. Ils entrent dans le tunnel et Ghost Bird s’arrête devant le Crawler. Elle embrasse doucement la lumière qui entoure sa tête. Control passe devant elle jusqu’à l’endroit où il a vu une grande fleur blanche entourée d’une lumière blanche brillante. Posant la sculpture de son père sur la dernière marche, il entre dans la lumière blanche et disparaît. Grace, craignant le pire, descend les escaliers et voit Ghost Bird avec la lumière. Grace panique et lui tire dessus. Ghost Bird est indemne. Grace part et remonte les escaliers.
Pendant ce temps, dans le passé, Saul s’est hissé dans son camion et a réussi à regagner le phare. Il monte les escaliers et y trouve Henry. Ils se battent, et les deux hommes passent par-dessus la rambarde et atterrissent au sol. Tous deux sont indemnes. Saul se lève, confus. Henry se lève et marche jusqu’au sommet du phare, une fois de plus, et Saul peut dire qu’il communique avec quelque chose d’étranger. Il ne s’en soucie plus. Il cède à la luminosité dans sa poitrine.
La directrice sirote un autre verre. C’est du passé, et elle est à un jour de l’Expédition 12. Elle espère que le biologiste les aidera à découvrir certaines des questions qui les tourmentent à propos de la Zone X. Au final, la directrice sait qu’ils se sont terriblement trompés à propos de la Zone X et de son but. Ils se sont trompés sur leur place dans l’univers. Elle finit son verre et s’en va.