Alors que l’attention et l’anxiété mondiales sont concentrées sur la dernière sous-variante du coronavirus omicron BA.2.86, les responsables de la santé et les experts ne savent toujours pas comment ce virus hautement muté se manifestera.
Au début de la semaine, au milieu d’une avalanche de gros titres, les chercheurs ne disposaient que de six séquences génétiques du virus dans le référentiel public GISAID, même si le virus s’était déjà propagé dans au moins quatre pays (Danemark, Israël, Royaume-Uni et États-Unis). ). Au moment de la publication de cet article vendredi, il n’existe encore que 10 séquences provenant de cinq pays (Danemark, Israël, Royaume-Uni, États-Unis et Afrique du Sud). Selon l’Organisation mondiale de la santé, le variant est également apparu dans des échantillons d’eaux usées provenant de Thaïlande et de Suisse.
Comme Ars l’a rapporté lundi, BA.2.86 a attiré l’attention pour avoir un grand nombre de mutations par rapport à BA.2, la sous-variante omicron dont elle descend. Le nombre de mutations dans la protéine de pointe critique de BA.2.86 est supérieur à 30, rivalisant avec le nombre observé dans la sous-variante omicron originale, BA.1, qui a ensuite provoqué un raz-de-marée de cas et d’hospitalisations. Les mutations de pointe de BA.2.86 semblent destinées à échapper aux protections en anticorps neutralisants construites à partir d’infections et de vaccinations passées. Mais avec une détection aussi rare et inégale, il est impossible de dire si cette variante peut se propager parmi ses nombreux cousins sous-variants omicrons pour provoquer une vague d’infection. Il n’est pas non plus possible de déterminer s’il peut provoquer une maladie plus grave que d’autres variantes. Jusqu’à présent, aucun symptôme grave de la maladie n’a été signalé pour les 10 cas, mais ces données ne suffisent pas pour tirer des conclusions. Comme l’ont rapporté mercredi les Centers for Disease Control and Prevention dans une évaluation des risques, il est « trop tôt pour connaître » l’impact du BA.2.86 sur la transmission et la gravité de la maladie.
Le lent afflux de données sur BA.2.86 fait partie d’une chute plus importante et dramatique de la surveillance et des rapports sur le COVID-19 en général. En octobre dernier, Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS pour le COVID-19, a déclaré : « Le nombre de séquences que le monde et nos réseaux d’experts évaluent a diminué de plus de 90 % depuis le début de l’année. Cela limite notre capacité à vraiment suivre chacun d’eux [omicron subvariants] ».
Depuis lors, le paysage de la surveillance génétique s’est encore détérioré. Lors d’une conférence de presse vendredi matin, Van Kerkhove a souligné que même les informations les plus élémentaires étaient défaillantes. Sur 234 pays et territoires, l’OMS ne dispose désormais que de données sur le nombre de cas provenant de 103 pays. Seuls 54 pays signalent des décès, 19 seulement des taux d’hospitalisation et 17 des données sur l’utilisation des soins intensifs.
« Nous n’avons pas une bonne visibilité sur l’impact du COVID-19 dans le monde », a-t-elle déclaré.
Surveillance critique
Le manque de données rend impossible le suivi des tendances et des impacts sur la santé – potentiellement ceux des nouveaux variants – et la fourniture aux personnes des soins dont ils ont besoin, sans parler de la surveillance adéquate des nouveaux variants, a souligné Van Kerkhove.
Même si l’incertitude persiste quant à l’impact qu’aura BA.2.86 (le cas échéant), avec une surveillance aussi éparse, les responsables de la santé auront moins de chances de détecter les augmentations précoces des cas, des maladies graves et des décès si une variante du pire scénario survient.
Bien que les pays aient accompli un travail impressionnant pour mettre en place des systèmes de surveillance et de reporting pendant la phase d’urgence de la pandémie, ces outils essentiels sont en déclin précipité. Pourtant, le virus continue de circuler dans tous les pays, et le peu de données dont nous disposons montrent une augmentation des hospitalisations. Aux États-Unis, les nouvelles hospitalisations hebdomadaires ont presque doublé depuis le 1er juillet, pour atteindre désormais plus de 12 600 la semaine du 12 août, selon les données du CDC.
« Il est vraiment important que la surveillance se poursuive », a déclaré Van Kerkhove, « et cela repose actuellement sur les épaules des gouvernements ». Ces systèmes de surveillance et de reporting doivent rester.
Pour l’instant, l’OMS a désigné BA.2.86 comme « variant sous surveillance (VUM) », ce qui dans le passé était une désignation donnée uniquement aux variants qui présentaient des signes précoces de capacité à supplanter les autres variants en circulation. Avec si peu de données sur BA.2.86, ce n’est pas le cas pour cette sous-variante omicron. Cependant, l’OMS a modifié la définition de VUM pour tenir compte de BA.2.86. La désignation peut désormais inclure une variante qui « présente un nombre inhabituellement élevé de mutations antigéniques mais avec très peu de séquences et/ou il n’est pas possible d’estimer son avantage relatif en matière de croissance ».
Avec tant de mutations et tant d’inquiétudes à leur sujet, certains ont également réclamé que BA.2.86 ait sa propre lettre grecque, la marquant au-delà de l’omicron. Mais, selon le système actuel de l’OMS, seules les variantes désignées « variantes préoccupantes (VOC) » reçoivent des lettres grecques. Pour atteindre le statut COV, le BA.2.86 devrait répondre à au moins un critère préoccupant : provoquer clairement une maladie plus grave ; modifier les tendances épidémiologiques d’une manière qui pourrait mettre en péril les ressources en soins de santé ; ou échapper de manière significative à la protection vaccinale contre une maladie grave.
Un groupe consultatif technique pour l’OMS procédera à une évaluation des risques liés à BA.2.86 au fur et à mesure que les données s’accumulent, à partir de laquelle ils détermineront si un changement de désignation est justifié.