Vous voulez faire tester vos gènes ? C’est peut-être génétique

Les personnes qui s’inscrivent à des études génétiques sont génétiquement prédisposées à le faire.

Selon le catalogue des biais, un biais de détermination se produit lorsqu’un échantillon étudié n’est pas représentatif de la population cible. Cela peut produire des conclusions trompeuses ou même fausses, et il peut être difficile à détecter car il ne peut généralement pas être identifié en examinant l’échantillon seul. C’est pourquoi de nombreuses études tentent d’utiliser des variables autres que la participation à l’étude pour s’assurer que leurs échantillons sont aussi représentatifs que possible.

Les études examinant comment un traitement particulier affecte un résultat de santé particulier tentent souvent de gérer le biais de détermination en ajustant les «covariables», des éléments tels que le niveau d’éducation ou le statut socio-économique, qui pourraient affecter les résultats de santé indépendamment du traitement. Mais Stefania Benonisdottir et Augustine Kong du Big Data Institute d’Oxford viennent de démontrer que nous pouvons déterminer si les études génétiques sont biaisées en n’utilisant que les gènes des participants.

Et ils ont utilisé cette technique pour montrer qu’il y a une contribution génétique qui influence la tendance à participer à des études génétiques.

Trouver un biais

Vous vous demandez peut-être comment cela a été fait – de manière tout à fait raisonnable, car nous ne pouvons pas très bien comparer les gènes des participants à ceux des non-participants. L’analyse effectuée par Kong et son étudiant repose sur l’idée clé qu’une séquence génétique qui se produit plus fréquemment chez les participants que chez les non-participants se produira également plus fréquemment dans les régions génétiques partagées par deux participants apparentés.

Autrement dit, un peu d’ADN qui est commun dans la population apparaîtra fréquemment dans l’étude. Mais il n’aura toujours qu’une chance sur deux d’apparaître chez l’enfant de quelqu’un qui en portait une copie. Si un peu d’ADN rend les gens plus susceptibles de s’inscrire à des études génétiques, cela sera plus courant à la fois dans les données globales et parmi les membres de la famille étroitement liés.

Ils ont donc vérifié les séquences génétiques partagées entre les parents au premier degré – soit les parents et les enfants, soit les frères et sœurs (mais pas les jumeaux) – dans la biobanque britannique. Ils décrivent trois principes de biais de détermination induits par la génétique :

1. Parmi une population d’ascendance commune qui partagent des tronçons d’ADN identiques, comme celui de la biobanque britannique, ces tronçons identiques seront enrichis de séquences qui affectent positivement la décision de participer à l’étude. Bien sûr, les séquences génétiques qui sont sous sélection positive pour toute autre raison pourraient également être enrichies. C’est pourquoi il est essentiel d’avoir des paires de parents proches qui partagent ces séquences identiques incluses dans l’étude.
   Si un parent possède une copie d’une variante génétique qui favorise la participation, elle sera transmise plus fréquemment aux enfants de l’étude. De même avec les séquences génétiques partagées et non partagées entre frères et sœurs au sein de l’étude. Si une séquence d’ADN montre ces trois comportements – elle apparaît plus fréquemment qu’elle ne le devrait par hasard, en particulier chez les parents, les enfants et les frères et sœurs – cette séquence induit probablement la participation.
2. Les séquences génétiques qui favorisent la participation se produiront plus fréquemment chez les participants ayant des parents proches dans l’étude que chez ceux qui n’en ont pas.
3. Si la génétique prédispose en fait les gens à participer, alors il devrait y avoir plus de paires de parents au premier degré dans l’étude que si la participation est aléatoire. Dans la biobanque britannique, il y a deux fois plus de paires de frères et sœurs que ce à quoi on pourrait s’attendre avec un échantillonnage aléatoire. Il convient de noter ici que la UK Biobank ne recrute pas de familles (les participants sont des adultes, âgés de 40 à 69 ans, qui ont donné leur consentement). Pourtant, les membres de la famille se parlent et partagent d’autres influences environnementales.

Cette analyse a utilisé les données génétiques d’environ 500 000 personnes recueillies entre 2006 et 2010. Elle a examiné environ 500 000 régions génétiques d’environ 20 000 paires de parents au premier degré. Ils n’ont pas trouvé (ou recherché) « un gène » en corrélation avec la participation à une étude. Au lieu de cela, ils ont comparé toutes les séquences génétiques partagées et non partagées parmi les paires de parents au premier degré inscrits à l’étude et ont analysé leurs fréquences relatives selon les trois principes ci-dessus.